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R中的函数在什么情况下会readRDS()尝试加载包/命名空间？我很惊讶在新的 R 会话中看到以下内容：

> loadedNamespaces()
[1] "base"      "datasets"  "graphics"  "grDevices" "methods"   "stats"    
[7] "tools"     "utils"    
> x <- readRDS('../../../../data/models/my_model.rds')
There were 19 warnings (use warnings() to see them)
> loadedNamespaces()
 [1] "base"         "class"        "colorspace"   "data.table"  
 [5] "datasets"     "dichromat"    "e1071"        "earth"       
 [9] "evaluate"     "fields"       "formatR"      "gbm"         
[13] "ggthemes"     "graphics"     "grDevices"    "grid"        
[17] "Iso"          "knitr"        "labeling"     "lattice"     
[21] "lubridate"    "MASS"         "methods"      "munsell"     
[25] "plotmo"       "plyr"         "proto"        "quantreg"    
[29] "randomForest" "RColorBrewer" "reshape2"     "rJava"       
[33] "scales"       "spam"         "SparseM"      "splines"     
[37] "stats"        "stringr"      "survival"     "tools"       
[41] "utils"        "wra"          "wra.ops"      "xlsx"        
[45] "xlsxjars"     "xts"          "zoo"

如果这些新包中的任何一个不可用，则readRDS()失败。

提到的 19 条警告是：

> warnings()
Warning messages:
1: replacing previous import ‘hour’ when loading ‘data.table’
2: replacing previous import ‘last’ when loading ‘data.table’
3: replacing previous import ‘mday’ when loading ‘data.table’
4: replacing previous import ‘month’ when loading ‘data.table’
5: replacing previous import ‘quarter’ when loading ‘data.table’
6: replacing previous import ‘wday’ when loading ‘data.table’
7: replacing previous import ‘week’ when loading ‘data.table’
8: replacing previous import ‘yday’ when loading ‘data.table’
9: replacing previous import ‘year’ when loading ‘data.table’
10: replacing previous import ‘here’ when loading ‘plyr’
11: replacing previous import ‘hour’ when loading ‘data.table’
12: replacing previous import ‘last’ when loading ‘data.table’
13: replacing previous import ‘mday’ when loading ‘data.table’
14: replacing previous import ‘month’ when loading ‘data.table’
15: replacing previous import ‘quarter’ when loading ‘data.table’
16: replacing previous import ‘wday’ when loading ‘data.table’
17: replacing previous import ‘week’ when loading ‘data.table’
18: replacing previous import ‘yday’ when loading ‘data.table’
19: replacing previous import ‘year’ when loading ‘data.table’

因此，显然它正在加载类似于lubridatethen 的内容，并在data.table运行时生成名称空间冲突。

FWIW，unserialize()给出了相同的结果。

我真正想要的是加载这些对象，而不是加载保存它们的人当时似乎已经加载的所有内容，这就是它看起来正在做的事情。

更新：这是对象中的类x：

> classes <- function(x) {
    cl <- c()
    for(i in x) {
      cl <- c(cl, if(is.list(i)) c(class(i), classes(i)) else class(i))
    }
    cl
  }
> unique(classes(x))
 [1] "list"              "numeric"           "rq"               
 [4] "terms"             "formula"           "call"             
 [7] "character"         "smooth.spline"     "integer"          
[10] "smooth.spline.fit"

qr是来自quantreg包，其余的都是来自baseor stats。

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2 回答 2

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好的。这可能不是一个有用的答案（需要更多细节），但我认为这至少是对“在什么情况下......”部分的回答。

首先，我认为它不是特定于任何可以'ed的 'd 对象，readRDS而是以相同的方式工作。saveload

“在什么情况下”部分：当保存的对象包含具有包/命名空间环境作为父级的环境时。或者当它包含一个环境是包/命名空间环境的函数时。

require(Matrix)
foo <- list(
   a = 1,
   b = new.env(parent=environment(Matrix)),
   c = "c")
save(foo, file="foo.rda")
loadedNamespaces()   # Matrix is there!
detach("package:Matrix")
unloadNamespace("Matrix")
loadedNamespaces()   # no Matrix there!
load("foo.rda")
loadedNamespaces()   # Matrix is back again

以下也有效：

require(Matrix)
bar <- list(
   a = 1,
   b = force,
   c = "c")
environment(bar$b) <- environment(Matrix)
save(bar, file="bar.rda")
loadedNamespaces()      # Matrix is there!
detach("package:Matrix")
unloadNamespace("Matrix")
loadedNamespaces()      # no Matrix there!
load("bar.rda")
loadedNamespaces()      # Matrix is back!

我没有尝试过，但没有理由不应该与saveRDS/以相同的方式工作readRDS。和解决方案：如果这对保存的对象没有损害（即，如果您确定这些环境实际上是不需要的），您可以通过替换它们来删除父环境，例如通过将 设置为parent.env有意义的东西。所以使用foo上面的，

parent.env(foo$b) <- baseenv()
save(foo, file="foo.rda")
loadedNamespaces()        # Matrix is there ....
unloadNamespace("Matrix")
loadedNamespaces()        # no Matrix there ...
load("foo.rda")
loadedNamespaces()        # still no Matrix ...
于 2013-11-06T08:17:52.897 回答
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我想出的一个痛苦的解决方法是通过一个讨厌的 eval 来清除它附加到它的任何环境的对象：

sanitizeEnvironments <- function(obj) {
    tc <- textConnection(NULL, 'w')
    dput(obj, tc)
    source(textConnection(textConnectionValue(tc)))$value
}

我可以拿旧对象，通过这个函数运行它，然后再做saveRDS()一遍。然后加载新对象不会在我的命名空间中散布块。

于 2013-10-30T18:07:16.883 回答