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使用 RStudio --> 编译 PDF

在要使用 pdflatex 处理的 .Rnw 文档中，我想获取文档中通过 library() 或 require() 加载的所有用户（我）包的列表。我尝试使用 sessionInfo()，如

   \AtEndDocument{
   \medskip
   \textbf{Packages used}: \Sexpr{names(sessionInfo()$loadedOnly)}.
   }

然而，这打印的只是 knitr 本身使用的包列表，

使用的包：digest、evaluate、formatR、highr、stringr、tools。

不是我明确提到的那些。我相信这是因为 knitr 在内部环境中运行代码块，但我不知道如何访问它。

我知道使用 cache=TRUE 创建的文件 cache/__packages; 有没有办法在不缓存的情况下自动生成它？

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4 回答 4

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没有缓存（cache = FALSE），你想要的基本上是

unique(c(.packages(), loadedNamespaces()))

启用缓存后会稍微复杂一些，因为包名也会被缓存；第二次编译文档时，除非您使缓存无效，否则不会加载这些包。在这种情况下，正如您所注意到的，有一个文件cache/__packages，您可以在那里读取包名称，所以

unique(c(.packages(), loadedNamespaces(), readLines('cache/__packages')))

正如@sebastian-c 指出的那样，您可能希望使代码更健壮（例如cache/__packages，首先检查是否存在），并从列表中排除某些包（例如knitr及其朋友）。

于 2013-09-30T02:26:34.463 回答
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所以你想要的是除了基本包和knitr之外的所有包。如果我然后列出所有的包并排除它们，你会得到你想要的：

p <- setdiff(.packages(), 
        c("knitr", "stats", "graphics", "grDevices", "utils", "datasets", 
          "methods", "base"))
p

如果您正在制作关于在 knitr 中制作东西的 knitr 文档，或者您想显式加载基本包，则必须做出一些例外。

于 2013-09-30T02:19:35.253 回答
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这种方法的问题是序言中的 \AtEndDocument{} 块中的 \Sexpr{} 是在编织时评估的（.Rnw 文件的开头，因此它返回一个空列表。在生成的 .tex 文件中，这显示为

\AtEndDocument{
\medskip
\textbf{Packages used}: .
}

唯一可行的方法是在 .Rnw 文件（在我的情况下是子文档，例如，

...
\bibliography{graphics,statistics}

Inside child document:
\textbf{Packages used}: \Sexpr{setdiff(.packages(), 
        c("knitr", "stats", "graphics", "grDevices", "utils", "datasets", 
          "methods", "base"))}.
于 2013-09-30T13:58:40.533 回答
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一种不同的，也许更明确和详细的方法，扩展了之前给出的答案。这将出现在\backmatter一本书中。该值nColOut是包含使用的包列表的打印表的列数。

\cleardoublepage
\printindex

\cleardoublepage

\chapter*{Packages}

<<packages, cache = FALSE, echo = FALSE, warning = FALSE, results = "asis">>=
nColOut = 7
packsAll <- unique(c(.packages(), loadedNamespaces(), readLines('cache/__packages')))
packsReduced <- setdiff(packsAll,
  c("knitr", "stats", "graphics", "grDevices", "utils", "datasets", "methods", "base"))
howManyPacks <- packsReduced %>%
  length()
numLines <-
  tibble(numPacks = howManyPacks + 0:(nColOut - 1),
    n = numPacks %% nColOut)
howManyToAdd <- numLines %>%
  filter(n == 0) %>%
  mutate(diff = numPacks - howManyPacks) %>%
  pull(diff)
packsReduced %>%
  sort() %>%
  as_tibble() %>%
  add_row(value = rep('', howManyToAdd)) %>%
  mutate(id = rep(1:(length(value) / nColOut), nColOut),
    col =  rep(letters[1 : nColOut], each = length(value) / nColOut)) %>%
  pivot_wider(names_from = col, values_from = value) %>%
  select(-id) %>%
  kable("latex", booktabs = TRUE, longtable = TRUE) %>%
  kable_styling(latex_options = "repeat_header") %>%
  row_spec(0, align = "c")
@
于 2021-12-03T02:19:16.007 回答