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我的数据中有太多节点，我发现使用 cytoscape js 将它们可视化真的不行。有没有人有类似的问题，或者我的问题有一些解决方案，请参见我的图表。

http://raven.anr.udel.edu/~sunliang/biolayout1/biolayout2.php?fileName=usrID/id_1380304481_42_gene_iterm.txt

欢迎任何建议和想法。谢谢。

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与所有强制导向布局一样，Arbor 非常好，因为它们通常可以生成可接受的布局。但是，它们存在许多问题，包括

  • 性能（速度），
  • 一致性（即 JS 不允许您Math.random()为初始位置设置种子），
  • 质量（这只是一个物理模拟，模拟可能过于复杂或无法提供良好的模拟节点位置），
  • 等等。

如果您有一个大型数据集，您应该考虑使用其中一种替代布局。广度优先布局通常会产生良好的效果。您还可以选择自己编写适合您的数据的替代布局。这是文档中概述的一个非常简单的过程。

http://cytoscape.github.io/cytoscape.js/#extensions/layouts

于 2013-09-30T19:00:53.140 回答