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在医学成像中，似乎有两种存储巨大的千兆像素图像的方法：

  1. 使用大量 JPEG 图像（打包成文件或单独）并制作一些奇怪的索引格式来描述去哪里。以其他格式添加一些元数据。

  2. 使用 TIFF 的平铺和多图像支持将图像干净地存储为单个文件，并提供下采样版本以提高缩放速度。然后滥用各种 TIFF 标签以非标准方式存储元数据。此外，存储具有重叠边界的切片，以后必须单独翻译。

在这两种情况下，读者必须充分理解格式以了解如何绘制事物和阅读元数据。

有没有更好的方法来存储这些图像？TIFF （或BigTIFF）仍然是正确的格式吗？XMP是否解决了元数据的问题？

主要问题是：

  • 以允许快速随机访问（平铺）的方式存储图像
  • 存储下采样图像以进行快速缩放（金字塔）
  • 处理瓷砖重叠或稀疏的情况（扫描仪通常通过将相机移动到 2D 幻灯片上并仅捕获有图像的地方来工作）
  • 存储重要的元数据，包括相关的图像，如幻灯片的标签和缩略图
  • 支持有损存储

人们使用什么样的（希望是非专有的）格式来存储大型航拍照片或地图？这些图像具有相似的属性。

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6 回答 6

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似乎从 TIFF 或 BigTIFF 开始，定义一个有用的标签子集 + XMP 元数据可能是要走的路。FITS 不好，因为它基本上是针对无损数据的，并且没有非常合适的元数据机制。

TIFF 的问题在于它允许的灵活性太大，但 TIFF 的一个子集应该是可以接受的。

解决方案很可能是http://ome-xml.org/和http://ome-xml.org/wiki/OmeTiff。

看起来 DICOM 现在有了支持：ftp: //medical.nema.org/MEDICAL/Dicom/Final/sup145_ft.pdf

于 2009-12-30T23:00:45.603 回答
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您可能想要FITS。

  • 任意尺寸
  • 1--3维数据
  • 广泛的标题
  • 广泛用于天文学并得到 NASA 和 IAU 的认可
于 2009-12-15T06:30:08.387 回答
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我是一名病理学家（和业余程序员），所以虚拟幻灯片和数字病理学是我的一大兴趣。您可能对OpenSlide 项目感兴趣。他们描述了来自大型供应商（Aperio、BioImagene 等）的许多专有格式。大多数似乎由金字塔缩放（当然是在不同的微观目标上扫描）、包含多个平铺 tiff 或压缩（JPEG 或 JPEG2000）图像的大型 tiff 文件组成。

于 2009-12-17T17:45:01.497 回答
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行业标准是DICOM Sup 145；虽然让供应商采用它一直很缓慢，但发明另一种格式可能不会有帮助。

于 2013-09-13T16:26:32.307 回答
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PNG可能适合您。它可以处理大图像、元数据，并且 PNG 格式可以有一些交错，所以你可以很容易地获得（下降到？）一个 n/8 xn/8 下采样图像。

我不确定PNG是否可以进行快速随机访问。它是分块的，但这可能还不够。

您可以使用透明通道表示稀疏数据。

于 2009-12-15T06:11:01.317 回答
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JPEG2000 可能值得一看，国家图书馆在这个领域做出了一些有趣的努力。

于 2012-01-09T03:21:37.577 回答