我们正在研究如何将现代代码版本系统用于遗留系统。但是，有些困难我们并不真正知道如何解决。你认为我们应该如何组织这个？
我们负责代码的某些部分，而客户负责的某些部分。
我们开发系统中的代码是主代码，所有更改都在那里进行，然后发送给客户。到目前为止，它就像一个普通的项目。但是对于一些有几百个文件的目录，客户端负责代码。客户可以随意更改这些文件，无需通知我们。当我们为他们进行更新时，我们需要获取这些文件的副本并合并我们的更改，然后再将新版本提供给客户。
在系统存在的 25 年中，我们发布了 4 个系统的基本版本。然而，我们的六个客户使用不同版本的系统，这意味着我们必须考虑它。另外，每个客户都有自己的要求，我们为每个客户做了较大的调整。
我们有几个与相同文件相关的并行项目。今天我们遇到的主要问题是各个项目相互干扰，所以我们会从不同分支的变化中受益匪浅。但是我们如何组织呢？一些项目只影响一个客户，其他项目涉及多个客户。并且某些项目可能会引入新的未来基础版本。
所以我的问题是如何在我们的新版本系统中组织这个。