我们可以使用 ProDy 来模拟蛋白质的结构吗？有没有其他方法可以使用 Python 对蛋白质的结构进行建模？
谢谢
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是的，ProDy 可以胜任。
如果您喜欢“仅”使用 Python，请查看 PyMOL ( http://www.pymol.org/ ) 以查看蛋白质和分子结构。
如果您喜欢运行模拟，那么用于分子动力学模拟的 GROMACS 包将是我的选择，但它（主要）是用 C 语言编写的。
于 2013-09-26T11:00:21.137 回答