我有一个多序列文件
>abc|d017961
sequence1......
>cdf|rhtdm9
sequence2......
>ijm|smthr12
sequence3......
>abc|d011wejr
sequence4......
>stg|eethwe77
sequence5......
我想编辑文件并希望结果文件为
>abc_ABC__d017961
sequence1......
>cdf_CDF__rhtdm9
sequence2......
>ijm_IJM__smthr12
sequence3......
>abc_ABC__d011wejr
sequence4......
>stg_STG__eethwe77
sequence5......
谢谢！
您可以将输入字段分隔符 (FS) 定义为|，将输出字段分隔符 (OFS) 定义为_，然后使用该toupper()函数。
全部一起：
$ awk 'BEGIN{OFS="_"; FS="\|"}{print $1,toupper($1),OFS,$2}' file
abc_ABC___d017961 sequence1......
cdf_CDF___rhtdm9 sequence2......
ijm_IJM___smthr12 sequence3......
abc_ABC___d011wejr sequence4......
stg_STG___eethwe77 sequence5......
perl -pe 's/ (\w+) \| /$1_\U$1\E__/x' file
或者
perl -lpe '$_ = "$1_\U$1\E__$2" if / (\w+) \| (\w+)/x' file