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源于一个较早的问题，我试图检查父母是否是给定孩子基因型的正确父母（请参阅检查指定变量中的“字符串”表达式是否包含在其他几个变量中）

现在，我想看看孩子的基因型是否是隐性基因型（这个基因有两个相同的隐性值[等位基因]）。在这种情况下，孩子总是受到疾病的影响，而父母却没有（孩子是先证者）。我试图弄清楚父母和孩子是否是纯合子，并且有点弄清楚孩子是否与父母的基因型相匹配....但是从这两条信息我似乎无法确定孩子是否是纯合隐性...

这是我到目前为止所拥有的（按照上面的类似答案）：

homo <- read.table("/.../Family1a/Family1a_vcf.txt", sep="\t", header=T)

d <- data.frame(list(mom = homo[c(1)], 
                 dad = homo[c(2)], 
                 child = homo[c(3)]
                ), stringsAsFactors = FALSE)


check_homo <- function(x) {
    #homo
    m1 <- sapply(strsplit(as.character(d[,2]),"/"),function(x) x[1])
    m2 <- sapply(strsplit(as.character(d[,2]),"/"),function(x) x[2])
    d1 <- sapply(strsplit(as.character(d[,1]),"/"),function(x) x[1])
    d2 <- sapply(strsplit(as.character(d[,1]),"/"),function(x) x[2])
    c1 <- sapply(strsplit(as.character(d[,3]),"/"),function(x) x[1])
    c2 <- sapply(strsplit(as.character(d[,3]),"/"),function(x) x[2])

    mom_homo <- m1 == m2
    dad_homo <- d1 == d2
    child_homo <- c1 == c2

    homo_matrix_d <- matrix(c(dad_homo,child_homo), ncol=2, byrow=TRUE)
    homo_matrix_m <- matrix(c(mom_homo,child_homo), ncol=2, byrow=TRUE)

    homo_match_dc <- rowSums(homo_matrix_d)
    homo_match_mc <- rowSums(homo_matrix_m)

    #which ones equal parents
    fam <- strsplit(as.character(d[c(1, 2, 3)]), "/")
    names(fam) <- c("mom", "dad", "child")   
    mom_query <- fam[["child"]] == fam[["mom"]]
    dad_query <- fam[["child"]] == fam[["dad"]]
    fam_matrix <- matrix(c(mom=mom_query, dad=dad_query), nrow=2)           
    child_match_parents <- rowSums(fam_matrix)

#if child doesn't match parents and child_homo = recessive
#if child does equal parents,if homo_parent and homo_child then child = dominant

    child_rec <- ifelse((child_match_parents < 1 & child_homo == "TRUE"), "RECESSIVE", "OTHER")
    child_dom <- ifelse((child_match_parents != 0  & child_homo == "TRUE") & (mom_homo == "TRUE" | dad_homo == "TRUE"), "DOMINANT", "OTHER")

}

child_recessive_tmp <- data.frame(apply(x, 1, check_homo))

循环中的最后两行不起作用。这整件事可能是错误的，所以我不介意沮丧的反应。总而言之，我想要一个变量来说明孩子的基因型是否是纯合隐性的。

编辑：

数据示例：每行有一个 SNP。

    Mom  Dad  Child
rs1 A/A  G/G  A/G
rs2 T/C  T/C  T/T
rs3 A/A  C/A  A/A
.
.
.
rs100 G/C A/G  C/A
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您的代码的问题：您的函数不返回任何内容，因此无论它是否执行您想要的操作，您都不会有任何输出（我建议您使用if() else if()和else如下所示）。

另外：尽管您apply将函数应用于数据框，但该函数似乎并没有使用任何输入。前几行对原始数据框进行操作——而不是输入。

我强烈建议您学习如何使用debug来逐步解决故障功能。

这是实现功能的更简洁的方法：

sample_dat <- data.frame(mom = c("A/A", "T/C", "A/A", "G/C"), dad = c("G/G", "T/C", "C/A", "A/G"), child = c("A/G", "T/T", "A/A", "C/A"))

check_homo <- function(d) {
    fam <- sapply(d, function(.) strsplit(as.character(.), "/"))
    homozygous <- unlist(lapply(fam, function(x) identical(x[[1]], x[[2]]) ) )
    if (homozygous[3] & !duplicated(fam)[3]) "RECESSIVE"
    else if (sum(homozygous[1:2]) >= 1 & homozygous[3] & duplicated(fam)[3]) "DOMINANT"
    else "OTHER" 
    }

apply(sample_dat, 1, check_homo)

# [1] "OTHER"     "RECESSIVE" "DOMINANT"  "OTHER"

您可以使用debugto step throughcheck_homo来了解每一行的用途。

于 2013-09-25T01:15:59.013 回答