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我之前很容易从 .pdb 文件中计算出 phi、psi 和 omega。因为他们的定义相当直接。例如，我知道它们需要设置四个笛卡尔坐标（四个原子）

phi: C-N-CA-C
psi: N-CA-C-N
omega: CA-C-N-CA

现在我正在尝试计算侧链角度。我知道这类似于 phi、psi 和 omega（因为每个角度我需要 4 个原子）。但是，我很难阅读 .pdb 文件并首先确定哪些原子构成了侧链？例如，在以下部分中（我删除了氢和每个残基的一个碳，没有下标）：

1 N -14.152 0.961 4.712
1 CA -13.296 0.028 3.924
1 O -11.358 1.432 3.941
1 CB -13.571 0.173 2.426
1 CG -15.046 -0.135 2.144
1 SD -16.174 1.270 1.982
1 CE -17.702 0.313 1.823
2 N -11.121 -0.642 4.703
2 CA -9.669 -0.447 4.998
2 O -9.036 -2.736 4.724
2 CB -9.462 -0.447 6.516
2 OG1 -10.399 0.505 7.010
2 CG2 -8.090 0.103 6.896
3 N -7.990 -1.247 3.462
3 CA -7.173 -2.314 2.811
3 O -5.487 -1.663 4.367
3 CB -6.881 -1.930 1.359
3 CG -8.162 -1.388 0.715
3 CD1 -8.594 -0.102 0.975
3 CD2 -8.903 -2.180 -0.135
3 CE1 -9.749 0.380 0.392
3 CE2 -10.057 -1.699 -0.718
3 CZ -10.490 -0.415 -0.457
3 OH -11.645 0.066 -1.038
4 N -5.204 -3.598 3.323
4 CA -3.922 -3.881 4.044
4 O -2.647 -4.537 2.142
4 CB -4.003 -5.297 4.612
4 CG -3.169 -5.399 5.890
4 CD -2.632 -6.837 6.002
4 CE -2.044 -7.084 7.401
4 NZ -2.526 -8.390 7.935

前几个角度是否会像这样在原子之间：

N-CA-O-CB
CA-O-CB-CG
O-CB-CG-SD
CB-CG-SD-CE

换句话说，我会包括 O、SD 等原子吗？还是我只包含 A、B、G、D、E、Z （其他）顺序的下标？所以我的前几个角度是：

N-CA-CB-CG
CA-CB-CG-CE
CG-CE-N-CA
CE-N-CA-CB
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据我了解，您通常只包含编号的碳（因此您显示的第二个选项是正确的）。例外情况是没有足够的碳来定义角度。例如，在半胱氨酸中，您使用硫而不是伽马碳。您可以在此处找到每种氨基酸的标准侧链角列表。

有关详细信息，请参阅此页面。

于 2013-09-23T21:25:26.480 回答