我目前正在开发一个需要生成自定义图表的项目（这里有一些示例）。这些图表基于 DNA 或蛋白质比对，其中 x 轴是 DNA 或蛋白质序列中的位置，字母的高度是碱基或氨基酸在该位置出现的频率。我可以做所有的计算，但这是我第一次尝试制作图形，甚至不知道从哪里开始弄清楚如何制作这个。欢迎任何帮助，并且这个项目需要在 python 中（当前生物信息学世界的炒作）。
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您应该检查与（序列）主题搜索相关的程序。
Biopython有一个用于此目的的模块。
您还可以查看LaiaMotifs的来源（这里是作者），它是针对肽的，但可以很容易地适应 DNA。
这是您可以使用 LaiaMotifs 获得的典型图形：
为了回答您关于策略的问题，LaiaMotifs 使用了每种氨基酸的图像。然后它计算每个位置的频率，并根据这些值调整图像的大小。每个位置都是一列字母。最后你加入图中的所有列。对于所有这些图像处理，您使用PIL库。
于 2013-09-24T11:49:49.103 回答
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查看 matplotlib for python
于 2013-09-23T20:38:26.970 回答