r - 如何在尝试打开数据集之前测试 HDF5 文件中是否存在数据集？

Question

我有以下代码片段可以正常工作，但如果 hdf5 文件中不存在数据集“Test”，则生成一个不需要的错误，这实际上是一个有效的情况：

library(rhdf5)
test_data <- h5read('test.h5', 'Test')
if (exists('test_data')) {
   # then read the data
   df_test <- as.data.frame(t(test_data))
   # work with df_test 
}

如果数据集不存在，R 会输出错误：

 Error in h5read('test.h5', 'Test') : 
   Object Test does not exist in this HDF5 file.
 Execution halted

我想优雅地处理这个问题，而不会让 R 进程吐出零星的错误。

Answer 1

好的，我认为，根据您的评论，这是您想要的行：

假设您已输入文件名作为参数，因此：

nextfile<- 'test.h5'

tryCatch(test_data <- h5read(nextfile, 'Test'), error = function(e) { print(paste("'Test' dataset not found in ",nextfile)) })

然后你就会知道哪个文件失败了。（大概您设置了类似的机制来将每个文件存储在不同的“test_data”或列表变量的元素中test_data[[j]]