3

我尝试将 topGO 包安装为网页中的 cmd ：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("topGO")

但是有一些错误如下：

错误：'GO.db' 的 loadNamespace() 中的 .onLoad 失败，详细信息：调用：sqliteExecStatement(con, statement, bind.data) 错误：RS-DBI 驱动程序：（语句中的错误：磁盘 I/O 错误）错误：加载失败执行停止错误：加载失败

然后我想按照网页上的说明在 R 中安装 GO.db 包

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GO.db")

我反驳了与上面发布的相同的问题：

警告：为“排序”找到多个方法表警告：为“排名”找到多个方法表警告：为“as.data.frame”找到多个方法表警告：为“unlist”找到多个方法表警告：找到多个方法表对于'匹配'错误：'GO.db'的loadNamespace（）中的.onLoad失败，详细信息：调用：sqliteExecStatement（con，statement，bind.data）错误：RS-DBI驱动程序：（语句中的错误：数据库被锁定）错误：加载失败执行停止错误：加载失败

这是我在 R 上键入 sessionInfo() 后的输出：

R 版本 3.0.1 (2013-05-16) 平台：x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)

语言环境：[1] LC_CTYPE=zh_CN.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=zh_CN.UTF-8 LC_COLLATE=zh_CN.UTF-8 [5] LC_MONETARY=zh_CN.UTF-8 LC_MESSAGES=zh_CN.UTF-8 [ 7] LC_PAPER=C LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C
LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=zh_CN.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

附加的基础包：[1] 并行统计图形 grDevices utils 数据集方法 [8] 基础

其他附加软件包：[1] AnnotationDbi_1.22.6 Biobase_2.20.1
BiocGenerics_0.6.0 [4] BiocInstaller_1.10.3

通过命名空间加载（未附加）：[1] DBI_0.2-7
IRanges_1.18.3 RSQLite_0.11.4 stats4_3.0.1 tools_3.0.1

我认为安装 GO.db 包有问题。任何建议表示赞赏！谢谢

4

0 回答 0