r - R 编程 - 使用 {ape} 改进最小生成树图

Question

我尝试了以下代码来绘制最小生成树：

library(ape)
mstree <-mst(distmat) #distmat is a distance matrix
plot(mstree, x1 = xycoordinates[,1], x2 = xycoordinates[,2])

如果我命令上面的行，我会根据我指定的距离矩阵得到一个最小生成树图，但是这个图看起来有点无聊，因为一切都是黑色的......如果我想改变树“分支”的颜色变成蓝色（即从黑色），我该怎么做？

谢谢，

Answer 1

该edge.color参数控制该颜色。您可以将其编码为因进化枝等而异，以使树的信息更加丰富。

plot(mstree, edge.color="blue", x1 = xycoordinates[,1], x2 = xycoordinates[,2])

手册中也有各种好的提示。

编辑：正如@sdittmar 指出的那样，这仅适用于phylo对象而不适用于mst绘图！要更改最小生成树中线条（和标签）的颜色，您可以par(fg="blue")在调用plot命令之前进行设置。如果您更改par(col="red")，它将设置标签的颜色。

最小可重现示例：

require(ape)
require(stats)
M = mst(dist(matrix(runif(200), 10, 5)))
par(fg="blue")
par(col="red")
plot(M)