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我想计算数据框的一列中正值和负值的数量。我在 R 中会怎么做？

例如，这里是数据框的例子

              logFC   logCPM       LR       PValue          FDR
Bra15066  -5.630822 5.184586 73.79927 8.647868e-18 4.060866e-13
Bra18809 -13.227825 7.158572 72.13478 2.009902e-17 4.719048e-13
Bra45310  5.848073 5.244367 65.61483 5.482472e-16 8.581530e-12
Bra44666  -4.270590 4.852193 63.75671 1.407731e-15 1.652605e-11
Bra34292 -12.917379 4.198073 61.84715 3.711794e-15 3.485968e-11
Bra38258  -5.239433 4.816886 57.98476 2.641567e-14 2.067378e-10

现在我想计算 logFC 列中正值与负值相比的数量。

基本上我希望看​​到 5 个负数计数和 1 个正数计数。我在 R 中会怎么做？

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3 回答 3

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这是一个更简单的解决方案：

table(sign(mydf$logFC))

数量-1和1结果分别是您的负数和正数。

于 2013-09-14T01:23:31.097 回答
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pos<-nrow(df[df$logFC>0,])
neg<-nrow(df[df$logFC<0,])

df 是数据帧，pos 和 neg 是 logFC 中正负条目的数量

于 2013-09-14T01:18:07.710 回答
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count从 plyr 包中使用：

library(plyr)
with(mydata,count(sign(logFC)))
于 2013-09-15T00:26:50.920 回答