1

我正在尝试cor.test()在循环中使用 r 函数，但我无法完全使其“发挥作用”。我可以单独调用这些项目，但我更喜欢使用循环。

我的代码选择如下所示：

hNames= scan(fileName, nlines = 1, what = character(), sep = ',')
mydata = read.table(fileName, header = TRUE, sep = ',')
names = c(hNames[2:length(hNames)])

for (i in names(mydata[2:length(mydata)]))
{
        for (j in names(mydata[2:length(mydata)]))
        {cor.test(mydata[[i]], mydata[[j]], method='spearman')}
}

哪个不起作用（没有输出），但是，这样做：

cor.test(mydata$Bacteroidetes, mydata$Actinobacteria, method = 'spearman')

我已经尝试了循环的几种变体，但我一直得到一个错误，说'x'（或'y'）必须是一个数字向量。

我的数据看起来像这样 (print(mydata))

PHYLUM Actino Bacter ...Tenericutes
x1     25       45    ...8
x1     26       42    ...8
x2     40       43    ...7
x2     42       41    ...5
x2     40       41    ...5

或以其原始格式：

PHYLUM,Actinobacteria,Bacteroidetes,...Tenericutes
x1,25,45,...8
x1,26,42,...8
x2,40,43,...7
x2,42,41,...5
x2,40,41,...5

我做错了什么，我该如何改变它，代码会产生一些输出？

非常感谢你。

4

1 回答 1

4

用 print 包围你对 cor.test 的调用。

于 2013-09-12T01:54:30.523 回答