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我在 Amazon EC2 服务器上安装 numpy 时遇到问题。我尝试在虚拟环境中使用easy_install,pip,pip,使用python 2.7在另一个虚拟环境中使用pip ...

每次我尝试时,它都会失败并出现错误:gcc: internal compiler error: Killed (program cc1),然后再往下走,我得到一堆 python 错误,使用 easy_install 我得到:ImportError: No module named numpy.distutils,使用 pip 我得到:UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xe2 in position 72: ordinal not in range(128)

EC2 实例正在运行内核 3.4.43-43.43.amzn1.x86_64。有人解决了这个问题吗?Numpy 对我来说一直很难安装,但我通常可以弄清楚......此时我不在乎它是否在它自己的 virtualenv 中,我只想安装它。

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安装 Numpy 的要求

  • c 编译器 (gcc)
  • fortran 编译器 (gfortran)
  • python 头文件 (2.4.x - 3.2.x)
  • 强烈推荐 BLAS 或 LAPACK

我编写了一个脚本来安装 virtualenv 和 scikit-learn以及所有依赖项。您可以跟进 numpy 安装,这非常简单。我复制了下面的相关代码。

sudo yum -y install gcc-c++ python27-devel atlas-sse3-devel lapack-devel
wget https://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.11.2.tar.gz
tar xzf virtualenv-1.11.2.tar.gz 
python27 virtualenv-1.11.2/virtualenv.py sk-learn
. sk-learn/bin/activate
pip install numpy

只需复制/粘贴,按 Enter,(喝杯咖啡),您就可以在 EC2 上使用 virtualenv 和 numpy。

如果要验证 numpy 是否找到了优化的线性代数库,请运行:

(sk-learn)[ec2-user@ip-10-99-17-223 ~]$ python -c "import numpy; numpy.show_config()"

如果您看到类似于以下内容的内容,则一切就绪。

atlas_threads_info:
    libraries = ['lapack', 'ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = f77
    include_dirs = ['/usr/include']
blas_opt_info:
    libraries = ['ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = c
    include_dirs = ['/usr/include']
atlas_blas_threads_info:
    libraries = ['ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = c
    include_dirs = ['/usr/include']
lapack_opt_info:
    libraries = ['lapack', 'ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas-sse3']
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    language = f77
    include_dirs = ['/usr/include']
lapack_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
blas_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
mkl_info:
  NOT AVAILABLE

有关更详细的说明,您可以阅读installing-scikit-learn-on-amazon-ec2。我专门写了这篇博文来记住安装步骤并有一个简短的操作指南。我尝试使帖子和安装脚本保持最新。

于 2014-08-22T23:37:29.003 回答
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我最终只是通过 yum 安装了 numpy sudo yum install numpy,. 我想这是我目前能做的最好的了。当使用 virtualenv 并且我需要 numpy 时,我会告诉它使用站点包。

感谢@Robert 的建议。

于 2013-09-11T14:27:07.590 回答
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只是为了存档。如果您正在运行 Ubuntu EC2 并且您已经安装了 pip,那么您可以执行以下操作:

对于 Python2:

pip install numpy --user

对于 Python 3:

pip3 install numpy --user

关键是这个词user

于 2017-08-03T15:44:18.837 回答
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您可以尝试使用来自https://www.continuum.io的 Anaconda Python 发行版,它使用 conda Python 版本和包管理器。我发现这个发行版配置良好并且便于科学计算工作。

我能够使用 wget 和他们下载网页上的 linux 下载链接下载并安装到 EC2 实例中。例如,对于 Python 2:

$ wget https://3230d63b5fc54e62148e-c95ac804525aac4b6dba79b00b39d1d3.ssl.cf1.rackcdn.com/Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

...

$ chmod a+x Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

$ ./Anaconda2-2.5.0-Linux-x86_64.sh

...

$源.bashrc

$ conda create --name myEnvName biopython

$ 源激活 myEnvName

$ python -c'导入numpy;打印(numpy.version.version)'

1.10.4

于 2016-02-10T08:54:33.180 回答