r - 使用 hclust 后标记树状图

Question

假设您使用 hclust 对在 R 中具有标题行的矩阵进行聚类。

通常人们会得到一张带标签的图片，可以说是树状图。有没有办法让向量的标签（在标题行中）出现在树状图中？

Answer 1

我想您的意思是带有headerline的列名。这里有一个小例子：

set.seed(123)
## create example matrix
m <- matrix(runif(200), ncol=10)
## create column names (A-G)
colnames(m) <- LETTERS[1:10]
## calculate distance matrix (transpose matrix, because dist use rows as individual samples)
d <- dist(t(m))
## clustering distance matrix
h <- hclust(d)
## plot it
plot(h)

Answer 2

要从层次聚类hc中获得恰好 k 个聚类中的聚类，请使用cutree(hc, k) [翻译：在高度处切割聚类树以获得 k 个聚类）。这将准确地为您提供所需的向量长度 n，其内容来自 {1,...k}。这适用hclust() 于结果和agnes()结果，后者来自 package cluster。