bioinformatics - 如何以某种自动方式（微阵列数据处理）将长基因名称更改为缩写？

Question

是否有任何自动方法可以将长基因名称（如 Cadherin_3453）列表转换为其缩写，如 CDHRN_3453？Genomics, Bioinformatics 中是否有任何缩写名称约定？

对不起，这里没有代码

Answer 1

由于您没有发布您想要的编程语言，我猜这只是您想做的一个简单的一次性练习。

虽然它不是一个真正的缩写，但您可以删除基因名称中的所有元音（正如您在示例中所做的那样）。

你应该使用：

http://www.togglecase.com/convert_to_disemvowelled_text.php

它能够更改Cadherin_3453为Cdhrn_3453.

如果您希望能够使用可以根据您的特定需求定制的程序来做到这一点，您可以查看这个 SO 问题：String replace vowels in Python?

Answer 2

有试图标准化基因名称的HUGO 数据库。根据您的用例，您可以尝试每次访问他们的在线搜索，也可以下载数据并使用您自己的数据库。