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这是一个经常发生的现象。我尝试操纵某种大数据，例如

a <- matrix( rnorm( 1e4 * 200 ), ncol= 1e4 )
gr <- factor( rep( 1:2, each= 100 ) )
l <- lm( a ~ gr )
covs <- estVar( l )
cors <- cov2cor( covs )

经常会报告以下错误：错误：无法分配大小为 509.5 Mb 的向量

美好的。我删除了一些不再需要的变量并调用垃圾收集器：

rm( a, l )
gc( TRUE )

但是，错误仍然存​​在。现在我保存 R 并重新启动它。而且——奇迹发生了：内存现在可用。为什么？如果以前没有足够的内存供 R 分配，但现在有足够的，有什么变化？我可以强制 R 以某种方式清理而不将数据保存到磁盘并等待它再次加载它们吗？我不明白。

我的sessionInfo()：

> sessionInfo()
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: i486-pc-linux-gnu (32-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.utf8       LC_NUMERIC=C              LC_TIME=en_US.utf8        LC_COLLATE=en_US.utf8     LC_MONETARY=en_US.utf8   
 [6] LC_MESSAGES=en_US.utf8    LC_PAPER=C                LC_NAME=C                 LC_ADDRESS=C              LC_TELEPHONE=C           
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.utf8 LC_IDENTIFICATION=C      

attached base packages:
[1] graphics  utils     datasets  grDevices stats     methods   base

PS：据报道，系统似乎还有大量未使用的内存free。top报告说我的 R 进程（在错误之前）在我的 8 中使用了 ~ 2GB，而且还剩下很多。

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安装和使用 64 位 R 以利用更多 RAM。来自?Memory-limits：

Unix
地址空间限制因系统而异：32 位操作系统的限制不超过 4Gb：通常为 3Gb。在 64 位操作系统上运行 32 位可执行文件将具有类似的限制：64 位可执行文件将具有基本上无限的系统特定限制（例如，对于 x86_64 cpus 上的 Linux 为 128Tb）。

于 2013-09-04T14:19:53.170 回答
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不确定在 32 位机器上还能做什么。也许尝试使用流行的内存不足处理包之一，比如bigmemory？这是一个链接，http://www.bigmemory.org/

于 2013-09-04T14:30:34.000 回答