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所以我有两个文件（空格分隔），file1的行名是从file2中随机取的，但是，file1有多个列，而file2只有行名列。我想重新生成file2，文件2的其余列将从file1中取出，根据减法的最小绝对值。

例如：

文件1：

5 0.1 0.2 0.5
20 0.3 0.3 0.6
30 0.5 0.66 0.1
100 0.9 0 1

file1、5、20、30、100的第一列都来自file2。

文件2：

2
5
19
20
27
30
65
100
105

该文件只有行名。文件 1 中的 5、20、30 和 100 包含在此文件中。

期望的输出：

2 0.1 0.2 0.5
5 0.1 0.2 0.5
19 0.3 0.3 0.6
20 0.3 0.3 0.6
27 0.5 0.66 0.1
30 0.5 0.66 0.1
65 0.5 0.66 0.1
100 0.9 0 1
105 0.9 0 1

这两个文件都按第 1 列从小到大排序。基本上，我希望每个文件 2 的数量从文件 1 的绝对值最小的行中获取其余列，列 1。例如 file2 的第一个数字是 2，而 2 的绝对值最小为 5，因此该行具有 file1 中的其余列，即“5”行。如果存在平局，这意味着两行相减时具有相同的绝对值，则输出将从较小的数字行获取列。例如文件 2 中的 65，文件 1 中 30 和 100 的绝对值相等，因此它将从 30 行中获取较小的值。

我试图在 R 中做到这一点，这是我的代码：

i<-1
b<- data.frame(stringsAsFactors=FALSE)
N<- 4 ## number of lines in file1
Row <- 9 ## number of lines in file2
while (i<=Row) {
test <- which(abs(file1[,1] - rep(file2[i,1],N)) == min(abs(file1[,1] - rep(file2[i,1], N)))); ## repeating the value of file2 N times and find the smallest with file1 by subtraction
    if (length(test) == 1) {  ## find 1 smallest value
        a<- file1[test,]; b<-rbind(b, a)
    }
    else if (length(test) == 2) {  ## tie, get the first value, the"smaller one"
        a<- file1[(head(test,1)),]; b<-rbind(b, a)
    } 
    else {warning("There is an error; test is neither 1 or 2")}; i<-i+1
}

output <- b
output$V1 <- NULL

当我的 file1 和 file2 变得非常大时，它可以工作但非常慢。请问有没有更快的方法来做到这一点？欢迎所有方法，awk、shell、R、Perl、python.. 谢谢！

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3 回答 3

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根据您的代码，我不认为您实际上指的是row.names，而只是数据框中的第一列。有几种方法可以做到这一点，但这里有一种方法：

index <- unlist(lapply(File2[,1], function(x) 
  min(which(abs(x - File1[,1]) == min(abs(x - File1[,1]))))))
File2.new <- File1[index,]
File2.new
#      V1  V2   V3  V4
# 1     5 0.1 0.20 0.5
# 1.1   5 0.1 0.20 0.5
# 2    20 0.3 0.30 0.6
# 2.1  20 0.3 0.30 0.6
# 3    30 0.5 0.66 0.1
# 3.1  30 0.5 0.66 0.1
# 3.2  30 0.5 0.66 0.1
# 4   100 0.9 0.00 1.0
# 4.1 100 0.9 0.00 1.0
于 2013-08-30T00:34:27.510 回答
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在没有行名的情况下阅读它会使这更容易。这是一种使用辅助函数的方法：

nearest <- function(x, y){
    o <- outer(x,y,function(x,y)abs(x-y))
    a <- apply(o, 1, which.min)
    y[a]
}

读取数据：

file1 <- read.table(header=FALSE,text="
5 0.1 0.2 0.5
20 0.3 0.3 0.6
30 0.5 0.66 0.1
100 0.9 0 1
")

file2 <- read.table(header=FALSE,text="
2
5
19
20
27
30
65
100
105
")

结果：

merge(within(file2, {V1_old <- V1; V1 <- nearest(V1, file1$V1)}), file1, all.x=TRUE)

   V1 V1_old  V2   V3  V4
1   5      2 0.1 0.20 0.5
2   5      5 0.1 0.20 0.5
3  20     19 0.3 0.30 0.6
4  20     20 0.3 0.30 0.6
5  30     27 0.5 0.66 0.1
6  30     30 0.5 0.66 0.1
7  30     65 0.5 0.66 0.1
8 100    100 0.9 0.00 1.0
9 100    105 0.9 0.00 1.0
于 2013-08-30T00:53:52.807 回答
0 
V1_2 <- unlist(lapply(file2$V1, function(x) file1$V1[which.min(abs(x - file1$V1))]))
file2 <- cbind.data.frame(file2, V1_2)
merge(file2, file1, by.x = "V1_2", by.y = "V1", all.x = TRUE)
于 2013-08-30T01:05:15.850 回答