python - 搜索具有退化位置的基序

Question

我有一个使用简并核苷酸序列的 15 聚体核苷酸基序。示例：ATTNTTRTCNGGHGCN。

我会搜索一组序列以查找该主题的出现。但是，我的其他序列是精确序列，即它们没有歧义。

我尝试for在序列中进行循环来搜索它，但我无法进行非精确搜索。我使用的代码仿照Biopython 食谱上的代码。

for pos,seq in m.instances.search(test_seq):
    print pos, seq

我想搜索所有可能的非精确 15-mer 的精确实例。是否有可用的功能，或者我是否必须为此定义自己的功能？（我可以做后者，只是想在继续之前与世界再次确认我没有重复别人的努力 - 我已经浏览了我认为是文档的相关部分。）

Answer 1

使用 Biopython 的nt_search. 它在 DNA 序列中寻找一个子序列，将歧义代码扩展到该位置的可能核苷酸。例子：

>>> from Bio import SeqUtils
>>> pat = "ATNTTRTCNGGHGCN"
>>> SeqUtils.nt_search("CCCCCCCATCTTGTCAGGCGCTCCCCCC", pat)
['AT[GATC]TT[AG]TC[GATC]GG[ACT]GC[GATC]', 7]

它返回一个列表，其中第一项是搜索模式，然后是匹配项的位置。