while-loop - 从目录中的所有文件中查找模式，生成单独的输出

Question

我正在尝试从文件夹中的所有 *.txt 文件中查找模式，这些文件是行中的数字列表。我想在包含 *.vcf 格式的一堆东西的文件中找到包含此类数字的行。不同的列表必须产生不同的输出文件，这些输出文件应该类似于 file.output。我已经尝试过了，但不起作用（对不起，我是新手）也许我可以使用 awk 或其他更花哨的东西？

    for file in ./*.txt
    do
    cat $file|while read LINE
    do
    grep "$LINE" ./AC-AN-table.v2.vcf > "$file.output"
    done

Answer 1

我会这样做：

ls *.txt | perl -nle 'system("grep -f $_ ./AC-AN-table.v2.vcf > $_.output");

解释： perl -nle 循环输入，并在每个循环中执行指定的 perl 表达式。更多信息perlrun，但简而言之：

  -n : loop over input without autoprinting
  -l : modify line endings
  -e : expression to execute

-fgrep 选项提供了一个包含要搜索的模式列表的文件。每行 1 个图案。