0

我正在尝试通过使用 R Studio 对一组数据进行地面筑巢小鸡对不同类型栖息地的使用进行成分分析。它开始处理,但永远不会停止。我必须手动停止处理或终止 R Studio。(在 R 中的结果相同。)

我正在使用 adehabitatHS 包中的 campana 函数。从 adehabitat 中,我可以毫无问题地运行样本野鸡和松鼠数据。(我试过从两个包中调用campana,结果相同。)

对于每只小鸡,可用的栖息地各不相同,因为它被视为它们巢穴周围的缓冲区。

我的数据这是每只小鸡的可用栖息地:

grass fallow.plot oil.seed.rape spring.barley winter.wheat maize other.crops other woodland hedgerow
1  23.35        7.53         45.75          0.00         0.00  0.00        0.00  0.00    23.37     0.00
2  86.52       10.35          0.00          0.00         1.24  0.00        0.00  1.89     0.00     0.00
3   5.18       10.33         28.36         38.82         0.00  0.00       17.17  0.14     0.00     0.00
4   4.26       18.32         27.31         32.66         3.82  0.00        0.00  5.02     5.52     3.09
5   4.26       18.32         27.31         32.66         3.82  0.00        0.00  5.02     5.52     3.09
6  12.52       10.35          0.00          0.00         0.00 18.02       43.59 13.15     2.37     0.00
7  21.41       11.56         59.25          0.00         0.00  0.00        0.00  5.82     0.00     1.96
8  21.41       11.56         59.25          0.00         0.00  0.00        0.00  5.82     0.00     1.96
9  36.17       16.93          0.00         30.14         0.00  0.00        0.00  7.08     9.68     0.00
10  0.00       12.17         26.49          0.00         3.99 55.77        0.00  1.58     0.00     0.00
11  0.00       10.27         67.41          1.93        18.30  0.00        0.00  1.18     0.00     0.91
12  2.66        5.38          0.00         14.39        54.06  0.00        8.40  3.83     7.84     3.44
13  2.66        5.38          0.00         14.39        54.06  0.00        8.40  3.83     7.84     3.44
14 84.22        8.00          0.00          0.00         0.00  2.90        0.00  0.22     3.84     0.82
15 84.22        8.00          0.00          0.00         0.00  2.90        0.00  0.22     3.84     0.82
16 86.85       13.04          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00  0.11     0.00     0.00
17 86.85       13.04          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00  0.11     0.00     0.00
18 86.85       13.04          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00  0.11     0.00     0.00
19 86.85       13.04          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00  0.11     0.00     0.00
20 21.41        8.11          0.47          8.08         0.00  0.00       56.78  2.26     0.00     2.89

这是使用的栖息地(mcp):

grass fallow.plot oil.seed.rape spring.barley winter.wheat maize other.crops  other woodland hedgerow
1  41.14       58.67          0.19          0.00         0.00  0.00        0.00   0.00        0      0.0
2  35.45       64.55          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00   0.00        0      0.0
3  10.10       60.04          7.72         21.37         0.00  0.00        0.00   0.77        0      0.0
4   0.00       44.55          0.00         50.27         0.00  0.00        0.00   5.18        0      0.0
5   2.82       48.48         44.80          0.00         0.00  0.00        0.00   0.00        0      3.9
6   0.00        0.00          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00 100.00        0      0.0
7   0.00       87.41         12.59          0.00         0.00  0.00        0.00   0.00        0      0.0
8   0.00       83.59         16.41          0.00         0.00  0.00        0.00   0.00        0      0.0
9   0.00      100.00          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00   0.00        0      0.0
10  0.00       18.93          0.00          0.00         0.00 81.07        0.00   0.00        0      0.0
11  0.00      100.00          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00   0.00        0      0.0
12  0.00       22.79          0.00          0.00        77.13  0.00        0.00   0.08        0      0.0
13  0.00        0.00          0.00          0.00       100.00  0.00        0.00   0.00        0      0.0
14 54.60       44.97          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00   0.43        0      0.0
15 62.86       36.57          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00   0.57        0      0.0
16 11.15       88.10          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00   0.75        0      0.0
17 20.06       79.62          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00   0.32        0      0.0
18 38.64       60.95          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00   0.41        0      0.0
19  3.81       95.81          0.00          0.00         0.00  0.00        0.00   0.38        0      0.0
20  0.00        3.56          0.00          0.00         0.00  0.00       96.44   0.00        0      0.0

我已经尝试过参数测试和随机化测试,结果相同。我正在运行的代码:

habuse <- compana(used, avail, test = "randomisation",rnv = 0.001, nrep = 500, alpha = 0.1)
habuse <- compana(used, avail, test = "parametric")

有什么想法我哪里出错了吗?

4

1 回答 1

0

我已经找到了我自己问题的答案。对于使用的数据,该函数将 0 值替换为您指定的值(在我的情况下为 0.001)。但它不会替换可用数据中的 0 值,而且它也不喜欢它们。

我用可用表中的 0.001 替换了所有 0,调整了其他值并且该功能正常工作。

于 2013-08-26T18:41:26.570 回答