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我正在尝试将一些化学结构图像添加到我创建的一些图中。我正在使用 ACToR 数据库来访问化学结构。例如：

在此处输入图像描述 （http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7）

这个网站的好处是您可以更改网址中的大小和化学成分，这样我就可以自动抓取图像。我希望存储一个包含 CAS 编号的对象，然后遍历 CAS 编号来制作绘图。

例如：

library(png)
casnums <- ("80-05-7","77-40-7","1478-61-1")
image.list <- list()
for(cas in casnums){
  image.list[[cas]] <- readPNG(paste0("http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw1000%2Ch1000&casrn=",cas))
}

我已经尝试readPNG从png包中使用，也尝试使用rgdal包。不幸的是，据我所知，ACToR 只会生成 png 或 jpeg 格式的图像 - 所以我不能使用该grImport包来读取矢量图像。

我真的希望找到一个解决方案，我不必手动下载每个图像 - 它们有很多。我愿意接受 R 将图像下载到文件夹的解决方案，然后我可以使用包之类的东西png，或者rgdal包来加载图像并绘制它们。

回应@ialm：这是我在您发表第一条评论后所尝试的：

> download.file(url="http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7",destfile="test.png")
trying URL 'http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7'
Content type 'image/png' length 200 bytes
opened URL
downloaded 6691 bytes

Warning message:
In download.file(url = "http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7",  :
  downloaded length 6691 != reported length 200

当我打开图像时，它只有 7 KB，我在图像查看器中收到以下消息：“Windows 照片查看器无法打开此图片，因为文件似乎已损坏、损坏或太大。”

我应该注意我（违背我的意愿）使用 Windows 7。我也尝试使用 RStudio 和 R。RStudio 给了我警告消息，而 R 没有 - 但 R 创建了看似相同的文件 (7KB)还是打不开。

作为对@Greg Snow 的回应：只是为了添加一些上下文，我从 RStudio 中的新 R 控制台运行以下命令。我使用了 64 位 Rv3.0.1 和 64 位 RStudio v0.97.551。

> library(png)
> search()
 [1] ".GlobalEnv"        "package:png"       "tools:rstudio"     "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices"
 [7] "package:utils"     "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"     
> con <- url("http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw1000%2Ch1000&casrn=1478-61-1",open='rb')
> rawpng <- readBin(con, what='raw', n=1e6)
> close(con)
> png1 <- readPNG(rawpng)
Error in readPNG(rawpng) : libpng error: bad adaptive filter value
> ls()
[1] "con"    "rawpng"
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3 回答 3

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这是一种适用于单个图像的方法（它可以包装在要在循环中使用的函数中）：

con <- url("http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw1000%2Ch1000&casrn=1478-61-1",
    open='rb')

rawpng <- readBin(con, what='raw', n=50000)

close(con)

png1 <- readPNG(rawpng)

我使用以下方法对其进行了测试：

plot(1:10, type='n')
rasterImage( as.raster(png1), 3,3,8,8 )

获得 50000 需要一些猜测，对于其他文件可能会有所不同（实际上我应该使用 48849，但它确实很可能会在文件之间发生变化）。

于 2013-08-23T17:57:53.533 回答
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（只是发布我的评论作为答案）

您可以使用该download.file功能从网络下载文件。

此外，Windows 用户可能必须更改某些参数。这似乎是正确下载和查看这些文件mode="wb"的必要参数。png

所以，像：

download.file("http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw1000%2Ch1000&casr‌​‌​n=80-05-7", 
              destfile="tmp.png", mode="wb")

为我工作。

于 2013-08-23T17:34:40.860 回答
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请注意，Bioconductor R 包EBImage能够直接从 URL 加载图像并将它们可视化：

library(EBImage)

img = readImage("path/to/your/image/file or URL")
display(img, method = "raster")

干杯，

安杰伊

于 2016-01-20T14:27:28.420 回答