我最近开始研究一个没有使用版本控制系统的现有项目。我已经广泛使用 Subversion，但管理层想使用 Git。我正在学习它，并学会爱它。为了我自己的理智，我根据从为我设置的开发环境 (Linux) 下载的文件在我的 Windows 7 机器上创建了一个 Git 存储库。我很高兴地向 master 提交更改，但发现我不得不经常更改我的开发优先级。我意识到分支是适应这种情况的最佳方式。我采用了“一个成功的 Git 分支模型”，到目前为止我很喜欢它。
挑战
一：该项目的符号链接现在在我的本地 Git 存储库中已损坏。我想修复它们，正确地将它们放入 Git 存储库。我有生产代码的 tar 档案，但我不知道如何完成一个理智的合并。在 Windows 上，我使用 WinMerge，但这不会保留符号链接。一旦我在我的开发服务器上设置了存储库，我是否只是放弃我的 Windows 机器上的提交而只从服务器中提取？
二：项目有一个文件路径一直到文件系统根目录。我看过一些关于人们使用 Git 对配置文件进行版本控制并在文件系统根目录下拥有存储库的文章，但我还没有看到一个很好的.gitignore文件示例，可以让这一切变得尽可能轻松。对此有什么好的做法？
更新到 #2
这些规则正在完成我所需要的：
/* # ignore everything in root by default
!.gitignore # allow this file
!/library # allow library
!/home # allow user directories
/home/* # not every user
!/home/user # just this user
/home/user/* # not all the user's files
!/home/user/public_html # just the public_html files
!/home/user/www # symbolic link to public_html