r - 从命令行运行 R 脚本

Question

我有一个文件，叫做a.r，它有一个chmod755，

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

如何通过命令行运行它？

Answer 1

如果您希望输出打印到终端，最好使用 Rscript

Rscript a.R

请注意，当使用R CMD BATCH a.R它而不是将输出重定向到标准输出并在终端上显示时，将创建一个名为 a.Rout 的新文件。

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

使用 Rscript 需要注意的另一件事是，它默认不加载methods包，这可能会导致混淆。因此，如果您依赖方法提供的任何内容，您需要在脚本中显式加载它。

如果您真的想使用调用脚本的方式，您可以在脚本顶部./a.R添加适当的#!

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

我还要注意，如果您在 *unix 系统上运行，则有一个有用的littler包，它提供了到 R 的简单命令行管道。可能需要使用 littler 通过脚本运行闪亮的应用程序？更多细节可以在这个问题中找到。

Answer 2

这并不能直接回答问题。但是有人可能会在这里结束，因为他们想从终端运行 R 的 oneliner。例如，如果你只是想安装一些缺少的包并退出，这个 oneliner 可以非常方便。当我突然发现我错过了一些包，我想将它们安装到我想要的地方时，我经常使用它。

• 安装到默认位置：

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'
  

• 要安装到需要root权限的位置：

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 
  

Answer 3

从命令行运行 R 脚本的另一种方法是：

R < scriptName.R --no-save  

或与--save.

另请参阅在命令行（终端）上使用 R 脚本的最佳方式是什么？.

Answer 4

您需要?Rscript从终端运行 R 脚本的命令。

查看http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

例子

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Answer 5

如何通过多个命令使用 knitr 和 rmarkdown 在命令中运行 Rmd，然后将 HTML 文件上传到 RPubs

这是一个示例：加载两个库并运行 R 命令

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

Answer 6

将 Rscript 用于 *Unix 系统的另一种方法是Process Substitution。

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

这显然与接受的答案相同，但这允许您操作和运行文件而无需保存命令行的功能，例如：

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

与它类似，Rscript -e "Rcode"它还允许在不保存到文件的情况下运行。因此它可以与生成 R 代码的脚本结合使用，例如：

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Answer 7

仅用于文档，有时您需要将脚本运行为sudo：

sudo Rscript path/to/your/file.R