我正在使用 Zend Framework 的站点上工作，其中一个页面在生产服务器上的加载速度比在开发服务器上慢得多。经过一些挖掘和分析（使用 xdebug），我发现 PDOStatement->execute 调用在生产服务器上运行需要 11 134 毫秒，而在开发服务器上运行需要 780 毫秒。
两台服务器上的数据库相同，两台服务器上的 MySQL 版本相同（5.5.32），两台服务器上的 MySQL 配置相同（直到 my.cnf 中的行）。两台服务器也都运行 Ubuntu 12.04.2 LTS，尽管与生产服务器相比，开发服务器确实有额外的软件。我能想到的唯一区别是开发服务器在 SSD 上运行，而生产服务器在 RAID 0 中运行两个常规 SATA 驱动器。然而，在 phpMyAdmin 中运行查询会产生大约相同的时间（0.0003-0.0005 秒，尽管我不信任 phpMyAdmin 的执行时间报告）。
以下是我运行的查询：
$query = "SET @rank = 0";
$statement = $db->query($query);
$query = "SET @previous_result = -1";
$statement = $db->query($query);
$query = "
SELECT
@group_id := IFNULL(g.id, -1)
FROM
`branch_statistics` bs
JOIN
branch_to_wave btw ON bs.branch_to_wave_id = btw.id
JOIN
branch_to_group btg ON bs.branch_id = btg.branch_id
JOIN
`group` g ON btg.group_id = g.id
WHERE
btw.wave_id = $wave_id AND bs.branch_id = $branch_id";
$statement = $db->query($query);
$query = "DROP TABLE IF EXISTS group_members";
$statement = $db->query($query);
$query = "CREATE TEMPORARY TABLE group_members (id INT PRIMARY KEY)";
$statement = $db->query($query);
$query = "DROP TABLE IF EXISTS group_members2";
$statement = $db->query($query);
$query = "CREATE TEMPORARY TABLE group_members2 (id INT PRIMARY KEY)";
$statement = $db->query($query);
$query = "
INSERT INTO
group_members
SELECT
btw.id
FROM
branch_to_wave btw
JOIN
branch_to_group btg ON btw.branch_id = btg.branch_id
WHERE
btw.wave_id = $wave_id AND
btg.group_id = @group_id
GROUP BY
btw.id";
$statement = $db->query($query);
$query = "INSERT INTO group_members2 SELECT id FROM group_members";
$statement = $db->query($query);
$query = "
SELECT @number_of_results :=
COUNT(result)
FROM
(
SELECT
ROUND(points / maximum_points, 4) as result
FROM
`branch_statistics` bs
JOIN
group_members2 gm2 ON gm2.id = bs.branch_to_wave_id
GROUP BY
result
) results
";
$statement = $db->query($query);
$query = "
EXPLAIN SELECT
*,
@number_of_results as number_of_results
FROM
(
SELECT
*,
IF(@previous_result != result, @rank := @rank + 1, @rank) as rank,
@previous_result := result
FROM
(
SELECT
bs.branch_id,
ROUND(points / maximum_points, 4) as result,
(
SELECT
AVG(ROUND(points / maximum_points, 4)) as average
FROM
`branch_statistics` bs
JOIN
group_members2 gm2 ON gm2.id = bs.branch_to_wave_id
) as average
FROM
`branch_statistics` bs
JOIN
group_members gm ON gm.id = bs.branch_to_wave_id
GROUP BY
bs.branch_id
ORDER BY
result DESC
) complete
) results
WHERE branch_id = $branch_id
";
$statement = $db->query($query);
$statement->setFetchMode(Zend_Db::FETCH_NUM);
$results = $statement->fetchAll();
我不知道服务器规格是否相关，但无论如何它们都在这里：
生产服务器：
Intel(R) Core(TM)2 Duo CPU E7500 @ 2.93GHz，3.4Gb RAM
开发服务器（在以下硬件上运行的虚拟机，以及 5-6 个其他 VM）：
AMD FX(tm)-8120 八核处理器，3Gb RAM
所以我的问题是：我怎样才能确定造成这种差异的原因是什么？
编辑 #1 (2013-08-16 @ 11:23)：对于那些不熟悉 Zend 框架的人，这里是导致 PDOStatement->execute 的调用堆栈：
- $db->查询（$查询）；
- Zend_Db_Adapter_Pdo_Abstract->查询
- Zend_Db_Statement->执行
- Zend_Db_Statement_Pdo->执行
- PDOStatement->执行
编辑#2（2013-08-16 @ 13:09）：这里是两台机器上的分析结果。
Status Duration DEV Duration PROD
starting 0.000032 0.000010
Waiting for query cache lock 0.000010 0.000006
checking query cache for query 0.000183 0.000074
checking permissions 0.000010 0.000007
checking permissions 0.000009 0.000006
checking permissions 0.000009 0.000006
checking permissions 0.000011 0.000007
Opening tables 0.000030 0.000017
System lock 0.000140 0.000063
optimizing 0.000016 0.000010
statistics 0.000035 0.000016
preparing 0.000020 0.000011
Creating tmp table 0.000028 0.000015
executing 0.000009 0.000006
Copying to tmp table 0.000424 0.000133
Sorting result 0.000039 0.000017
Sending data 0.000015 0.000008
optimizing 0.000014 0.000009
statistics 0.000022 0.000012
preparing 0.000019 0.000010
executing 0.000011 0.000007
Sending data 0.000171 0.000110
optimizing 0.000006 0.000007
statistics 0.000006 0.000008
preparing 0.000006 0.000007
executing 0.000004 0.000006
Sending data 0.000042 0.000035
removing tmp table 0.000007 0.000009
Sending data 0.000006 0.000008
init 0.000011 0.000013
optimizing 0.000005 0.000008
statistics 0.000006 0.000008
preparing 0.000006 0.000009
executing 0.000004 0.000006
Sending data 0.000016 0.000019
end 0.000005 0.000007
query end 0.000005 0.000007
closing tables 0.000004 0.000006
removing tmp table 0.000005 0.000007
closing tables 0.000004 0.000006
removing tmp table 0.000006 0.000007
closing tables 0.000006 0.000008
freeing items 0.000013 0.000275
logging slow query 0.000004 0.000007
cleaning up 0.000006 0.000007
我还测试了mysqlslap，发现了一些非常有趣的结果，如下（时间是平均查询时间）。您可以看到，虽然同时有更多的并发查询确实增加了平均查询时间，但与开发服务器相比，生产服务器上的相同查询仍然慢 24 倍。
我真的不明白如何在 phpMyAdmin 中运行查询可能需要 0.0005 秒，而使用 mysqlslap 的相同查询需要 0.299 秒，但我怀疑这是我问题的核心。
Mysqlslap settings Dev Prod
iterations = 10, concurrency = 50 1.253 14.129
iterations = 10, concurrency = 25 0.513 7.153
iterations = 10, concurrency = 10 0.141 3.133
iterations = 10, concurrency = 1 0.014 0.299