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当我尝试在 R 中安装软件包时，如果我.Rprofile的已加载，安装几乎总是失败。但是，当我用标志加载 R 时--vanilla，我可以毫无问题地安装包。这是有问题的 R 会话的输出。我认为困难与我在历史文件.First()中的功能.Rprofile或历史文件有关。我的 Rprofile 文件在这里。

$ install.packages("SuppDists")
Installing package into ‘/home/lmullen/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.cnr.Berkeley.edu/src/contrib/SuppDists_1.1-9.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 140784 bytes (137 Kb)
opened URL
==================================================
downloaded 137 Kb

Loading required package: stats
Loading required package: sp
rgeos version: 0.2-19, (SVN revision 394)
 GEOS runtime version: 3.3.3-CAPI-1.7.4 
 Polygon checking: TRUE 

rgdal: version: 0.8-10, (SVN revision 478)
Geospatial Data Abstraction Library extensions to R successfully loaded
Loaded GDAL runtime: GDAL 1.9.0, released 2011/12/29
Path to GDAL shared files: /usr/share/gdal/1.9
Loaded PROJ.4 runtime: Rel. 4.7.1, 23 September 2009, [PJ_VERSION: 470]
Path to PROJ.4 shared files: (autodetected)
Error in .External2(C_loadhistory, file) : no history mechanism available
Calls: .First -> <Anonymous>
Execution halted

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpX42EEZ/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("SuppDists") :
  installation of package ‘SuppDists’ had non-zero exit status

有谁知道问题是什么？

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3 回答 3

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Henrik 在 R-devel 邮件列表上给了我答案：

使用

if (interactive()) utils::loadhistory(file = "~/.Rhistory")

应该可以解决您的问题。原因是install.packages()反过来启动了一个安装包的非交互式子 R 进程。当该进程加载您的启动文件时，它会失败，因为该函数只能在交互模式下使用。

于 2017-03-13T09:17:10.097 回答
0

我找出了.Rprofile导致问题的行，但我不知道它们为什么会导致问题。和.First功能.Last是：

.First <- function() {
  utils:::loadhistory(file = "~/.Rhistory")
  cat("\nSuccessfully loaded .Rprofile at", date(), "\n\n")
}

.Last <- function() {
  utils:::savehistory(file = "~/.Rhistory")
}

注释掉关于保存和加载历史记录的行让我安装包。

于 2013-08-15T15:37:48.190 回答
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在乌本托：

我从 R 外部安装了它，它运行良好，感谢@hugo-raguet：

sudo apt-get -y install build-essential
sudo apt-get -y install r-cran-igraph

我相信以后不需要在 R 中安装igraph 。

于 2017-09-22T01:41:52.797 回答