我看到了几种以affyBatch
对象形式标准化数据的方法。使用的一些方法是:threestep
、mas5calls
、mascallsfilter
和。但是,我的数据采用格式,因为我从 .txt 文件中读取了我的表达式数据。justMAS
rma
data.frame
您能否让我知道我可以在 data.frame 上使用哪些规范化和过滤方法?或者是否可以转换data.frame
为affyBatch
对象?
当我尝试一些规范化方法时,出现以下错误:
dat.eset <- threestep(dat.fp, background.method="RMA.2",
normalize.method="quantile", summary.method="median.polish")
Error in threestep(dat, background.method = "RMA.2", normalize.method = "quantile", :
argument is data.frame threestep requires AffyBatch dat.mas5 <- mas5calls(dat)
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘mas5calls’ for signature ‘"data.frame"’