2

有没有一种方法可以让我从 Python 执行一个 shell 程序,它将其输出打印到屏幕上,并将其输出读入一个变量而不在屏幕上显示任何内容?

这听起来有点令人困惑,所以也许我可以通过一个例子更好地解释它。

假设我有一个程序在执行时会在屏幕上打印一些东西

bash> ./my_prog
bash> "Hello World"

当我想将输出读入 Python 中的变量时,我读到一个好的方法是subprocess像这样使用模块:

my_var = subprocess.check_output("./my_prog", shell=True)

使用这个结构,我可以将程序的输出输入到my_var(here "Hello World"),但是当我运行 Python 脚本时它也会打印到屏幕上。有什么办法可以抑制这种情况吗?我在文档中找不到任何subprocess内容,所以也许还有另一个模块可以用于此目的?

编辑:我刚刚发现commands.getoutput()可以让我这样做。但是还有没有办法实现类似的效果subprocess?因为我打算在某个时候制作一个 Python3 版本。


EDIT2:特定示例

摘自python脚本:

oechem_utils_path = "/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/"\
        "openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/"\
        "oechem-utilities/"

rmsd_path = oechem_utils_path + "rmsd"

for file in lMol2:
            sReturn = subprocess.check_output("{rmsd_exe} {rmsd_pars}"\
                 " -in {sIn} -ref {sRef}".format(rmsd_exe=sRmsdExe,\
                 rmsd_pars=sRmsdPars, sIn=file, sRef=sReference), shell=True)
    dRmsds[file] = sReturn

屏幕输出(请注意,不是“所有内容”都打印到屏幕上,只是输出的一部分,如果我使用commands.getoutput所有内容都可以正常工作:

/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/oechem-utilities/rmsd: mols in: 1  out: 0
/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/oechem-utilities/rmsd: confs in: 1  out: 0
/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/oechem-utilities/rmsd - RMSD utility [OEChem 1.7.2]

/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/oechem-utilities/rmsd: mols in: 1  out: 0
/soft/linux64/openeye/examples/oechem-utilities/openeye/toolkits/1.7.2.4/redhat-RHEL5-g++4.3-x64/examples/oechem-utilities/rmsd: confs in: 1  out: 0
4

3 回答 3

3

要添加到 Ryan Haining 的答案,您还可以处理 stderr 以确保没有任何内容打印到屏幕上:

 p = subprocess.Popen(command, shell=True, stdin=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT, stdout=subprocess.PIPE, close_fds=True)
out,err = p.communicate()
于 2013-08-13T16:55:17.143 回答
1

如果subprocess.check_ouput不适合您,请使用Popen对象和 aPIPE在 Python 中捕获程序的输出。

prog = subprocess.Popen('./myprog', shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
output = prog.communicate()[0]

.communicate()方法将等待程序完成执行,然后返回一个元组,(stdout, stderr)这就是您想要使用[0]的原因。

如果您还想捕获stderr然后添加stderr=subprocess.PIPEPopen对象的创建。

如果您希望捕获prog它运行时的输出而不是等待它完成,您可以调用line = prog.stdout.readline()一次读取一行。请注意,如果没有可用线路,直到有线路可用,这将挂起。

于 2013-08-13T16:13:19.360 回答
0

我一直使用Subprocess.Popen,它通常不会给你任何输出

于 2013-08-13T16:13:26.697 回答