scaffold - 在 454-Newbler 组装中查找哪些重叠群进入任何给定的脚手架

Question

我想应该有一个非常简单的脚本来调用哪些重叠群进入哪些脚手架。这是用 Newbler 组装的 454 个数据。

谢谢！

Answer 1

也许你也可以使用 grep -f :)

Answer 2

感谢您的更正；）

454Scaffolds.txt 文件上的简单“grep”为我提供了以下输出。

-bash-3.2$ grep 脚手架10511 454 脚手架。txt scaffold10511 1 1251 1 W contig368342 1 1251 + scaffold10511 1252 2340 2 N 1089 fragment yes scaffold10511 2341 3244 3 W contig368343 1 904 + scaffold10511 3245 5704 4 N 2460 fragment yes scaffold10511 5705 6500 5 W contig368344 1 796 + scaffold10511 6501 7472 6 N 972 fragment yes scaffold10511 7473 10932 7 W contig368345 1 3460 + scaffold10511 10933 11579 8 N 647 fragment yes scaffold10511 11580 15817 9 W contig368346 1 4238 + scaffold10511 15818 19635 10 N 3818 fragment yes scaffold10511 19636 21767 11 W contig368347 1 2132 + scaffold10511 21768 22244 12 N 477 片段 是 支架 10511 22245 25733 13 W contig368348 1 3489+ 支架 10511 25734 28642 14 N 2909 片段 是支架10511 28643 32182 15 W contig368349 1 3540 +

据我了解，这个脚手架基于 contig368342-->368349，所以应该回答这个问题；）