imagej - 将 ROI 轮廓和标签添加到灰度堆栈并创建蒙太奇

Question

我有一个大约 100 个切片的灰度图像堆栈。在选定的切片中，我使用手绘工具指示了 ROI，并添加了一个用于测量的标签。

我想做的是生成一个蒙太奇，其中包含选定的切片，其中 ROI 和标签表示为覆盖。我尝试制作一个子堆栈，从 ROI 管理器添加叠加层，然后生成蒙太奇，但蒙太奇不显示叠加层。我还尝试了“Flatten”命令，但它需要 RGB 图像。如果我将灰度图像转换为 RGB，它会将所有 ROI 重叠在第一张图像的顶部，而不是将它们放在正确的切片上。

关于如何做到这一点的任何想法？

谢谢！

Answer 1

以下宏代码在 ROI 管理器中创建每个 ROI 的平面视图蒙太奇：

myTitle = getTitle();
for (i=0; i<roiManager("count"); i++) {
    selectWindow(myTitle);
    roiManager("select", i);
    run("Select None");
    run("Duplicate...", "title=single-slice");
    run("Restore Selection");
    run("Flatten");
    rename("ready-for-stack");
}
run("Images to Stack", "name=Stack title=ready-for-stack use");
selectWindow("Stack");
run("Make Montage...", "scale=1 increment=1 border=1");

要尝试它，请将代码粘贴到脚本编辑器（Fiji/ImageJ2的一部分），选择Language > IJ1 Macro并按Run。