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我正在尝试从 Matlab 中运行 R 脚本，我得到与此海报相同的错误： Calling R from Matlab

据我所知，情况是一样的，除了我的系统正在运行 LinuxMint（发行版 14 Nadia，内核 3.5.0-17-generic）并且该帖子中的解决方案对我不起作用。有人可以提出进一步的建议吗？我难住了。

就像上面线程中的海报一样，我的调用是在 shell 中工作的，而不是在 matlab 中。

r_script.R 包含：

foo <- rnorm( 100 )
cat( sd( foo ), '\n' )
cat( mean( foo ), '\n' )

我在 Matlab 中收到的错误消息：

>> system( 'Rscript /tmp/r_script.R' )
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/usr/lib/R/library/stats/libs/stats.so':
  /usr/local/MATLAB/R2013a/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3: version `GFORTRAN_1.4' not found (required by /usr/lib/liblapack.so.3)
During startup - Warning message:
package ‘stats’ in options("defaultPackages") was not found 
Error: could not find function "rnorm"
Execution halted

ans =

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>> !unset DYLD_LIBRARY_PATH; 
>> system( 'Rscript /tmp/r_script.R' )
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/usr/lib/R/library/stats/libs/stats.so':
  /usr/local/MATLAB/R2013a/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3: version `GFORTRAN_1.4' not found (required by /usr/lib/liblapack.so.3)
During startup - Warning message:
package ‘stats’ in options("defaultPackages") was not found 
Error: could not find function "rnorm"
Execution halted

ans =

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2 回答 2

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好的，Amro 和 DWin 的回答让我指出了正确的方向，我已经解决了问题。问题是 Matlab 似乎包含了它自己的 libgfortran.so.3 版本，与我系统上的版本（并且 R 期望的）相比，它必须是过时的。非常感谢 Amro 和 DWin 帮助我。

对于后来出现的任何可怜的灵魂：

我能够通过在 Matlab 内外运行 /usr/lib/R/library/stats/libs/stats.so 上的 ldd 来确定这一点。

!ldd /usr/lib/R/library/stats/libs/stats.so （来自 Matlab 内部）返回：

<snip>
libgfortran.so.3 => /usr/local/MATLAB/R2013a/sys/os/glnxa64/libgfortran.so.3 (0x00007faff0bbc000)
</snip>

并且 ldd /usr/lib/R/library/stats/libs/stats.so （来自shell）返回：

<snip>
libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007f3c9b308000)
</snip>

将系统 libgfortran.so.3 添加到 Matlab 的 LD_LIBRARY_PATH 的开头（不是结尾）解决了这个问题。从 Matlab 内部：

>> setenv( 'LD_LIBRARY_PATH', strcat( '/usr/lib/x86_64-linux-gnu:', getenv( 'LD_LIBRARY_PATH' ) ) )
>> !/usr/bin/Rscript /tmp/r_script.R                                                               
0.8317391 
0.09262757
于 2013-08-01T17:35:24.567 回答
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这可能是由 MATLAB 和 R 使用的库之间的版本不匹配引起的。您可以使用LD_PRELOAD. 使用ldd内部和外部 MATLAB 找出导致问题的原因...

在 MATLAB 中：

>> !ldd Rscript

在外壳中：

$ ldd Rscript

顺便说一句，与现有解决方案等效的 Linux 将是：

>> !unset LD_LIBRARY_PATH
>> system('...')

所以先试试吧。。

（请注意，我在 Windows 机器上，因此没有测试任何解决方案）

于 2013-08-01T13:39:09.930 回答