bash - 如何将文件名指定为输入目录的一部分？

Question

我在一个目录中有格式为的文件

- 0163-301_02_29_2008_off.nii
- 0163-301_02_29_2008_on.nii
- 0164-303_11_30_2007_off.nii
- 0164-303_11_30_2007_on.nii

我想运行一个将文件名作为输入的命令。地址路径将是

/Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii/0163-301_02_29_2008_off.nii

等等。

到目前为止，我有这是我写的代码

for file in *_on.nii; do

set fileroot = ${file} cut -b 1-78
echo $fileroot

/usr/local/fsl414/bin/flirt -in $file  -ref /Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii/$fileroot_off.nii -out /Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii/$fileroot_ontooff -omat /Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii/$fileroot_ontooff.mat -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 6  -interp trilinear

done

但是，$fileroot 集没有出现在指定的路径中，它只输出一个空格。

Answer 1

不要使用set，因为它的目的是操作 shell 选项/变量，而是使用这个：

fileroot="$(echo ${file} | cut -b 1-78)"

还要确保将fileroot变量的引用括在大括号中，即${fileroot}_ontooff分隔变量名

Answer 2

我不太符合您的要求，但是如果您想从更改0163-301_02_29_2008_on.nii为0163-301_02_29_2008_off.nii：

cd /Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii
for on_file in *_on.nii; do
    off_file=$PWD/${on_file/on.nii/off.nii}
    # Do something with off_file
done

以上将“on.nii”替换为“off.nii”

更新

我更改了代码以包含每个请求的完整路径。

Answer 3

修正你的变量命名，对于初学者：

for files in *_on.nii; do
    ^^^^^- files with an S

set fileroot = ${file} cut -b 1-78
                 ^^^^-- -file WITHOUT an S