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我想我的想法可能过于复杂了。我有一个文件，我想用它在 R 中制作条形图。该文件如下所示：

## metadata
# filepath
## filename
# Started on: Tue Jul 30 10:46:57 EDT 2013


#HISTOGRAM    java.lang.Integer
READ:  1    2
-1  28  28
 0  27  29

我想制作我拥有的数据的条形图。我在想它看起来有点像这样：

  |
  |
# |             |   
  |  |          |
  |  |     |    |
  |__|_____|____|___|____
  -1(1) -1(2) 0(1) 0(2)

但我无法正确读取数据。这是我的代码：

# Parse the arguments
args <- commandArgs(trailing=T)
#Chart file
metricsFile  <- args[1]
#pdf file path and name that I want to produce
outputFile   <- args[2]

# Figure out where the firstLine and the chart are in the file and parse them out
startFinder <- scan(metricsFile, what="character", sep="\n", quiet=TRUE, blank.lines.skip=FALSE)
firstBlankLine=0
#finds empty strings
for (i in 1:length(startFinder))
{
        if (startFinder[i] == "") {
                if (firstBlankLine==0) {
                        firstBlankLine=i+1
                } else {
                        secondBlankLine=i+1
                        break
                }
        }
}

 #I accept some args and I read past some header information 
firstLine <- read.table(metricsFile, header=T, nrows=1, sep="\t", skip=firstBlankLine)
#prints "firstLine:  -1" "firstLine:  28" "firstLine:  28" 
secondLine <- read.table(metricsFile, header=T, nrows=1, sep="\t", skip=secondBlankLine)
#prints "secondLine:  -1" "secondLine:  27" "secondLine:  29"

# Then plot as a PDF
pdf(outputFile)
#I am just inputing firstLine here because I was trying to see how it works
#I get the error:'height' must be a vector or a matrix
barplot(firstLine,
        main=paste("Read",(i-1)," Distribution ",
        xlab="Counts",
        ylab="F/R Orientation")

dev.off()

正如我在代码中评论的那样，我得到了“高度”必须是向量或矩阵的错误。我不太了解 R，不知道如何将其作为向量读取，而不是我目前的操作方式。我也不确定问题是否在于我正在使用 barplot。难道只是“情节”更好用吗？也许我使用 read.table 不正确？

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1 回答 1

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您可以使用?unlist将您的“转换”data.frame为数字向量：

d <- read.table(file="YOURFILE", sep="\t", header=TRUE, row.names=1)
barplot(unlist(d))

在此处输入图像描述

也许你必须调整标签。

顺便说一句：你可以避免你的firstline和secondline部分。read.table将自动跳过注释（以 开头的行#）和空行（详见?read.table）。

于 2013-07-30T15:50:25.780 回答