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我有一个程序必须处理大量数据并根据某种模式将其分类。我会稍微谈谈。

该数据表示为一个矩阵,其中每一列是一个不同的元素,分为“子元素”。该程序采用这个“子元素”并遍历每个模式(模式由 DFA - Deterministic Finite Automaton * 表示)以查看元素属于哪个组(该元素不属于多个组) .

  • 我以这种方式使用矩阵在将其移植到 GPU 时进行内存合并。

下图以可视化的方式解释了数据组织。

http://img203.imageshack.us/img203/6163/g9w9.jpg

  • 显然数据集远大于 4 个元素

CPU-CODE - 首先我用 CPU 代码编写了这个程序。它完全序列化。该程序从一个元素中获取每个子元素,并检查该元素是否属于一个组,检查第一个模式。如果没有,请查看第二个模式。等等。当第一个元素被分类时,检查第二个元素,然后是第三个元素,依此类推。 /CPU代码

你怎么看,如果并行化,这段代码会快得多。然后程序在 CUDA 中编码。

GPU-CODE - 为了在 GPU 中以低内存传输运行代码,所有数据和自动机在“分类代码”开始之前被传输到 GPU 内存。现在的区别是我可以启动很多线程和块,每个线程将采用一个元素并对其进行分类。下图解释了它是如何在 GPU 中完成的。

http://img441.imageshack.us/img441/4732/53ra.jpg

GPU 代码比 CPU 代码快得多。/GPU-代码

现在的问题:就像我说的那样,模式被检查进入自动机。自动机有一些状态,每个状态都有一些转换。转换的数量几乎不大于 6。由于内存限制,自动机在默认模式下不表示,只需查看表即可获得下一个状态(表编码)。

我的编码需要不止一次查看才能获得下一个状态。为了获得下一个状态,我采用子元素并检查第一个转换是否由它触发。如果没有,我检查第二次转换,依此类推。

如果还不够清楚,上面的 CPU 和 GPU 代码都在自动机状态中以串行方式运行。换句话说,它检查第一个转换以查看我们是否与下一个状态匹配。如果没有,请检查下一个转换,依此类推。

我想在每个州内并行化这个搜索。换句话说,我希望每次转换一个线程。就像我说的,一个状态中的转换数量几乎不大于 6。我知道似乎没有必要并行化它,因为转换数量很少,但是这部分代码(匹配)重复了几次。

我试图在每个状态中并行化这个搜索,但执行时间比串行代码大。我将在下面解释我是如何完成我的幼稚实现的:

在这个测试中,我使用了一个自动机,每个状态最多有 4 个转换(但它可以少于 4 个)。所以我在线程块的 Y 维中启动了 4 个线程(X 维线程获取元素,Y 维线程获取子元素)并在共享内存中创建一个数组,如果我有一个“过渡匹配”与否。该数组具有块的大小 (blockDim.x * blockDim.Y),因为它是针对所有元素完成的。

问题是:有时我每个状态的转换少于 4 个,这意味着线程 3 例如可以检查不是我感兴趣的状态并且匹配错误的其他状态。这个问题迫使我进行“第一次匹配”搜索,并且我以串行方式进行此搜索,这与我之前所做的相同,但现在我有一个与创建线程和数组相关的开销(我设置了数组数组的元素为 0,开销更大)。因此,我什么也没做。

只是为了让事情清楚,这张图片显示了我试图做的事情。

http://img855.imageshack.us/img855/7576/b0ui.jpg

我之前问过如何在 stackoverflow 中进行首次匹配搜索,但我的问题是缺少一些关于我的代码和问题的重要细节,我在这里解释。

所以我的问题是,我能否有效地在每个状态中并行化此搜索(即使转换次数很少),还是不值得,我应该使用我的序列化 GPU 代码?

如果您认为我可以并行化,我应该使用我的最后一个代码来更好地实现“首次匹配”搜索,还是应该使用完全不同的方法?

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