r - 快速评估损坏的 Affymetrix CEL 文件

Question

我正在尝试使用 R 规范化大量 Affymetrix CEL 文件。但是，其中一些似乎被截断，所以在阅读它们时我得到了错误

Cel file xxx does not seem to have the correct dimensions

并且正常化停止。每次手动删除损坏的文件并重新启动将需要很长时间。您知道是否有一种快速的方法（在 R 中或使用工具）来检测损坏的文件？

PS 我 99.99% 确定我正在将来自同一平台的 CEL 归一化，它实际上只是截断的文件 :-)

Answer 1

一个简单的建议：

您可以在 read.table （或您正在使用的任何读取命令）周围使用 tryCatch 块吗？如果您收到该错误消息，则只需跳过一个文件。您还可以在 catch 块中编译损坏文件的列表（我建议您这样做，以便在运行像这样的大批处理过程时跟踪损坏的文件以供将来参考）。这是伪代码：

corrupted.files <- data.frame()
for(i in 1:nrow(files)) {
    x <- tryCatch(read.table(file=files[i]), error = function(e) 
         if(e=="something") { corrupted.files <- rbind(corrupted.files, files[i]) } 
         else { stop(e) }, 
       finally=print(paste("finished with", files[i], "at", Sys.time())))
    if(nrow(x)) # do something with the uncorrupted data            
}