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我刚刚安装了 PySB 并试图让它工作。我运行附带下载文档的示例，但它不起作用。

import pysb as psb
from pysb.integrate import odesolve as psb
from pylab import linspace, plot, xlabel, ylabel, show:   

psb.Model()

# Declare the monomers
psb.Monomer('L', ['s'])
psb.Monomer('R', ['s'])

# Declare the parameters
psb.Parameter('L_0', 100)
psb.Parameter('R_0', 200)
psb.Parameter('kf', 1e-3)
psb.Parameter('kr', 1e-3)

# Declare the initial conditions
psb.Initial(L(s=None), L_0)
psb.Initial(R(s=None), R_0)

# Declare the binding rule
psb.Rule('L_binds_R', L(s=None) + R(s=None) <> L(s=1) % R(s=1), kf, kr)

# Observe the complex
psb.Observable('LR', L(s=1) % R(s=1))

if __name__ == '__main__':
    print __doc__
    # Simulate the model through 40 seconds
    time = linspace(0, 40, 100)
    print "Simulating..."
    x = psb.odesolve(model, time)
    # Plot the trajectory of LR
    plot(time, x['LR'])
    xlabel('Time (seconds)')
    ylabel('Amount of LR')
    show()

我遇到的第一个错误是psb.odesolve()：

AttributeError: 'function' object has no attribute 'Model'

你能建议吗？谢谢

我尝试了 pysb.org 的代码，但出现错误：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\Ruda\Desktop\t2.py", line 33, in <module>
    x = odesolve(model, time)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\pysb\integrate.py", line 298, in odesolve
    solver = Solver(model, tspan, integrator, **integrator_options)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\pysb\integrate.py", line 86, in __init__
    pysb.bng.generate_equations(model)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\pysb\bng.py", line 261, in generate_equations
    lines = iter(generate_network(model).split('\n'))
  File "C:\Python27\lib\site-packages\pysb\bng.py", line 220, in generate_network
    bng_file = open(bng_filename, 'w')
IOError: [Errno 22] invalid mode ('w') or filename: '<interactive>_5136_5952_temp.bngl'
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3 回答 3

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PySB 开发人员在这里。

问题如下：

import pysb as psb
from pysb.integrate import odesolve as psb
psb.Model()

您已将 pysb 导入为“psb”，但随后您将函数 odesolve也导入为 psb。因此，当您调用 psb.Model() 时，它会尝试在函数 odesolve 上调用类构造函数“Model”。这就是为什么它给出错误“'function' object has no attribute 'Model'”的原因。

为了这个例子，我建议只做

from pysb import *
from pysb.integrate import odesolve

并删除组件构造函数前面的 psb 限定符。

另外，我建议通过发送电子邮件至 pysb@librelist.org 注册 pysb 邮件列表！我们可以在那里及时回复您的问题。如果您有任何其他问题，请告诉我们。

最好的，

约翰·巴赫曼

于 2013-08-11T20:47:04.710 回答
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与http://pysb.org/上的示例相比，您似乎有轻微的语法错误和不同的导入。此外，PySB 文档说您必须这样做：

from pysb import *
Model()

初始化事物，然后该构造显然会model在模块的名称空间中创建一个变量。我建议完全按原样复制 pysb 样本，并在开始调整之前验证它是否正常工作。

于 2013-07-26T17:18:01.947 回答
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另一个 PySB 开发人员在这里。John Bachman 是对的——在您的原始代码中，您的第一个导入import pysb as psb被第二个导入所掩盖，from pysb.integrate import odesolve as psb. 只需删除as psb第二行中的 并将psb.odesolve下面更改为odesolve. 第三行末尾还有一个多余的冒号，需要删除。我解决了这些问题，代码运行良好。

关于您使用 pysb.org 主页中的示例代码时遇到的错误，您似乎已将代码粘贴到交互式 python 会话中。不幸的是，在这种情况下运行 odesolve() 存在错误。尝试将示例代码保存到 .py 文件并从命令行运行它。该错误将在下一个 PySB 版本中修复。

于 2014-01-07T21:07:21.523 回答