r - 循环每个子文件夹 R

Question

这是我的代码：

setwd("folder/subfolder1")
Data <- ReadAffy()
eset<-rma(Data)
write.expres(eset, file="subfolder1.txt")

我的文件夹中有许多子文件夹，我想制作一个脚本来处理循环中的所有子文件夹并创建名为子文件夹的文本文件。

我怎样才能做到这一点？

Answer 1

这个怎么样：

# get into the parent directory
setwd("folder")
# loop through the sub directories (use [-1] to lop off the current directory: ".")
for (dir in list.dirs()[-1]) {
    # get into the sub directory
    setwd(dir)
    # do the do
    Data <- ReadAffy()
    eset<-rma(Data)
    # build the file name by pasting ".txt" on the end of the directory name
    write.expres(eset, file=paste(dir, "txt", sep="."))
    # pop back up to the parent directory
    setwd("../")
}