我有一张桌子，这是开始：
TargetID SM_H1462 SM_H1463 SM_K1566 SM_X1567 SM_V1568 SM_K1534 SM_K1570 SM_K1571
ENSG00000000419.8 290 270 314 364 240 386 430 329
ENSG00000000457.8 252 230 242 220 106 234 343 321
ENSG00000000460.11 154 158 162 136 64 152 206 432
ENSG00000000938.7 20106 18664 19764 15640 19024 18508 45590 32113
我想使用 DESeq 包创建该表的 newCountDataSet 对象。
这是我的代码：
#First, define Control & Case so that condition can be defined later
#Here, the colnames are grouped into Control or Case based on their name (the SM_... ones)
my.df <- data.frame(matrix(rep(seq(1,8),3), ncol = 8))
colnames(my.df) <- c('SM_H1462','SM_H1463','SM_K1566','SM_X1567', 'SM_V1568', 'SM_K1534', 'SM_K1570','SM_K1571')
control = my.df[,(substr(colnames(my.df),4,4) == 'H' | substr(colnames(my.df),4,4) == 'K')]
case = my.df[,(substr(colnames(my.df),4,4) == 'X' | substr(colnames(my.df),4,4) == 'V')]
#Define condition
condition= c(control, case)
cds1 = newCountDataSet(data, condition)
但是我得到了这样的错误，我不知道如何解决它：
Error in sort.list(y) : 'x' must be atomic for 'sort.list'
Have you called 'sort' on a list?
我认为这是因为条件必须是一个因素，而且它目前是 24 个列表。所以我试过了
condition=factor(condition)
但我收到相同的错误消息。