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我正在尝试将字典中的值（列表）打印到另一个文件的第三列，该文件包含第一列中的字典键。我希望将值列表打印在输出文件的第三列中，并用空格分隔每个值。我知道我的问题在于 Python 不能编写不是字符串的东西，并且列表用“”分隔，但我是编程新手，不知道如何实现这一点 - 任何帮助都是非常感谢，谢谢！

GtfFile.txt 是一个 10 列文件 (sep = '\t')，我使用 Gene 名称作为键和 Term（功能类别）作为值来生成字典。几个基因具有多个归因于它们的术语，并且作为每个术语的新行重复。每个术语也有不同数量的基因，因此我生成一个列表作为每个术语的键。我的脚本的这一部分似乎可以按我的意愿工作！

FuncEnr_terms.txt 是一个 2 列文件 (sep ='\t')，它由第一列中的术语和第二列中的术语描述组成。我想要的输出文件是用第三列复制这个文件，第三列包含与用空格分隔的术语相关联的基因。将其写入输出文件是我的问题所在。

下面是我的代码：

#!/usr/bin/env python

import sys
from collections import defaultdict

if len(sys.argv) != 4 :
        print("Usage:  GeneSetFileGen.py  <GtfFile.txt> <FuncEnr_terms.txt> <OutputFile.txt>")
        sys.exit(0)

OutFileName = sys.argv[3]  
OutFile = open(OutFileName, 'w') 

TermGeneDic = defaultdict(list)

with open(sys.argv[1], 'r') as f :
    for line in f :
        line = line.strip()
        line = line.split('\t')
        Term = line[8]
        Gene = line[0]
        TermGeneDic[Term].append(Gene) 

#write output file
with open(sys.argv[2], 'r') as f :
    for line in f :
        line = line.strip()
        Term, Des = line.split('\t')
        OutFile.write(Term + '\t' + Des + '\t' + str(TermGeneDic[Term]) + '\n')

OutFile.close
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如果我正确理解您的要求，那么您需要替换此表达式：

 str(TermGeneDic[Term])

有类似的东西：

 " ".join(TermGeneDic[Term])
于 2013-07-24T16:01:34.263 回答
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关于您的代码的几点建议：如果您不非常严格地遵循pep 8约定，您的代码将无法被其他任何人理解。这意味着，除了类名之外，没有 CamelCase。

其次，重用变量通常是不好的，这表明您应该将这些方法调用链接起来。当您有一个变量（例如line您实际更改的类型）时，情况尤其糟糕。

第三，方括号（圆括号）对于调用方法或函数是必需的。

第四，您将列表的元素连接成一个字符串'\t'.join(termgenes[term])

最后，使用模板来生成长字符串——它最终更容易使用。

您的代码应如下所示：

import sys
from collections import defaultdict

if len(sys.argv) != 4 :
        print("Usage:  GeneSetFileGen.py  <GtfFile.txt> <FuncEnr_terms.txt> <OutputFile.txt>")
        sys.exit(0)

progname,gtffilename,funcencrfilename,outfilename = sys.argv

termgenes = defaultdict(list)

with open(gtffilename, 'r') as gtf :
    for line in gtf:
        linefields = line.strip().split('\t')
        term, gene = linefields[8],linefields[0]
        termgenes[term].append(gene) 

#write output file
with open(funcencrfilename, 'r') as funcencrfile, open(outfilename, 'w') as outfile:
    for line in funcencrfile:
        term, des = line.strip().split('\t')
        outfile.write('%s\t%s%s\n' % term,des,'\t'.join(termgenes[term]))
于 2013-07-24T19:24:31.307 回答