我知道这是一个与 BLAST 和生物信息学相关的非常具体的问题,但这里有:
我正在尝试使用独立的 BLAST(我已经下载并测试了它在命令行上运行)来执行 DNA 序列比对(blastn)。我需要能够提供我自己的查询文件(fasta 格式)和我自己的数据库文件(也是 fasta 格式)。
关键是我想让程序只输出 2 个字段,而不是它通常输出的详细报告。我只希望输出对齐的最高分和 e 值。这个想法是,一旦我有了这个工作,我可以将它包装在我自己的控制程序中,并使用不同的查询序列自动运行它多次并记录分数和电子值。
我知道这是一个很长的镜头,但是有人知道我该如何去做吗?我的两个障碍是使用我自己的数据库文件和自定义输出。