1

我正在解析 PDB 文件，并且我有一个链名称列表以及格式为（链，[坐标]）的 XYZ 坐标。我有很多坐标，但只有 3 个不同的链。我想将同一链中的所有坐标压缩到一个列表中，这样我就可以得到 chain = [coordinate]、[coordinate]、[coordinate] 等等。我查看了 biopython 文档，但我很难准确理解如何获得我想要的坐标，所以我决定手动提取坐标。这是我到目前为止的代码：

pdb_file = open('1adq.pdb')
import numpy as np

chainids = []
chainpos= []

for line in pdb_file:
    if line.startswith("ATOM"):
        # get x, y, z coordinates for Cas
        chainid =str((line[20:22].strip()))
        atomid = str((line[16:20].strip()))
        pdbresn= int(line[23:26].strip())
        x = float(line[30:38].strip())
        y = float(line[38:46].strip())
        z = float(line[46:54].strip())
        if line[12:16].strip() == "CA":
            chainpos.append((chainid,[x, y, z]))
            chainids.append(chainid)

allchainids = np.unique(chainids)
print(chainpos)

和一些输出：

[('A', [1.719, -25.217, 8.694]), ('A', [2.934, -21.997, 7.084]), ('A', [5.35, -19.779,     8.986])

我理想的输出是：

A = ([1.719, -25.217, 8.694]), ([2.934, -21.997, 7.084]),(5.35, -19.779,8.986])...

谢谢！

Here is a section of PDB file:
ATOM      1  N   PRO A 238       1.285 -26.367   7.882  0.00 25.30           N  
ATOM      2  CA  PRO A 238       1.719 -25.217   8.694  0.00 25.30           C  
ATOM      3  C   PRO A 238       2.599 -24.279   7.885  0.00 25.30           C  
ATOM      4  O   PRO A 238       3.573 -24.716   7.275  0.00 25.30           O  
ATOM      5  CB  PRO A 238       2.469 -25.791   9.881  0.00 25.30           C

A 是第 4 列中的链名称。我不知道链名称是先验的，但由于我正在逐行解析，因此我将链名称与我前面提到的格式的坐标一起粘贴。现在我想在它们前面拉出所有带有“A”的坐标，并将它们放在一个名为“A”的列表中。我不能只在“A”中硬编码，因为它并不总是“A”。我也有“L”和“H”，但我想一旦我克服了理解的障碍，我就能得到它们。

4

3 回答 3

1

你想要类似的东西：

import numpy as np

chain_dict = {}

for line in open('input'):
    if line.startswith("ATOM"):
        line = line.split()
        # get x, y, z coordinates for Cas
        chainid = line[4]
        atomid = line[2]
        pdbresn= line[5]
        xyz = [line[6],line[7],line[8]]
        if chainid not in chain_dict:
            chain_dict[chainid]=[xyz]
        else:
            chain_dict[chainid].append(xyz)

对于您的示例数据，其中给出：

>>> chain_dict
{'A': [['1.285', '-26.367', '7.882'], ['1.719', '-25.217', '8.694'], ['2.599', '-24.279', '7.885'], ['3.573', '-24.716', '7.275'], ['2.469', '-25.791', '9.881']]

既然它是一本字典，显然你可以这样做：

>>> chain_dict['A']
[['1.285', '-26.367', '7.882'], ['1.719', '-25.217', '8.694'], ['2.599', '-24.279', '7.885'], ['3.573', '-24.716', '7.275'], ['2.469', '-25.791', '9.881']]

只获取您感兴趣的链的 xyz 坐标。

于 2013-07-20T01:21:32.277 回答
1

只是制作一个元组列表

>>> chainpos.append((chainid,x, y, z))
>>> chainpos 
[('A', 1.719, -25.217, 8.694), ('A', 2.934, -21.997, 7.084)]
>>> import itertools
>>> for id, coor in itertools.groupby(chainpos,lambda x:x[0]):
...     print(id, [c[1:] for c in coor])
于 2013-07-20T01:57:54.107 回答
0

您可以使用列表推导：

>>> print chainpos 
[('A', [1.719, -25.217, 8.694]), ('A', [2.934, -21.997, 7.084]), ('A', [5.35, -19.779,     8.986])]
>>> print "A =", [ t[1] for t in chainpos]
于 2013-07-20T00:08:37.690 回答