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我正在创建一个脚本，以将 csv 文件从其列标题中读取到一组命名元组中。然后，我将使用这些命名元组提取满足特定条件的数据行。

我已经计算出输入（如下所示），但是在将数据输出到另一个文件之前过滤数据时遇到了问题。

import csv
from collections import namedtuple

with open('test_data.csv') as f:
    f_csv = csv.reader(f) #read using csv.reader()
    Base = namedtuple('Base', next(f_csv)) #create namedtuple keys from header row
    for r in f_csv: #for each row in the file
        row = Base(*r) 
        # Process row
        print(row) #print data

我的输入文件的内容如下：

Locus           Total_Depth     Average_Depth_sample    Depth_for_17
chr1:6484996    1030            1030                    1030
chr1:6484997    14              14                      14
chr1:6484998    0               0                       0

它们是从我的代码中打印出来的，如下所示：

Base（Locus='chr1:6484996'，Total_Depth='1030'，Average_Depth_sample='1030'，Depth_for_17='1030'） Base（Locus='chr1:6484997'，Total_Depth='14'，Average_Depth_sample='14'， Depth_for_17='14') Base(Locus='chr1:6484998', Total_Depth='0', Average_Depth_sample='0', Depth_for_17='0')

我希望能够只提取 Total_Depth 大于 15 的记录。

直觉上我尝试了以下功能：

if Base.Total_Depth >= 15 :
    print row

但是，这只会打印最后一行数据（来自上面的输出表）。我认为问题是双重的。据我所知，我不会将命名元组存储在任何地方以供以后引用。其次，这些数字是以字符串格式而不是整数形式读取的。

首先，如果我需要将我的命名元组存储在某个地方，有人可以纠正我。

其次，如何将字符串值转换为整数？或者这是不可能的，因为命名元组是不可变的。

谢谢！

我之前问过一个关于字典的类似问题，但现在想改用 namedtuples。:)

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int在创建命名元组实例时将您的值映射到：

row = Base(r[0], *map(int, r[1:]))

这会将r[0]值保留为字符串，并将剩余值映射到int().

这确实需要了解 CSV 列，因为哪些列可以转换为整数在这里是硬编码的。

演示：

>>> from collections import namedtuple
>>> Base = namedtuple('Base', ['Locus', 'Total_Depth', 'Average_Depth_sample', 'Depth_for_17'])
>>> r = ['chr1:6484996', '1030', '1030', '1030']
>>> Base(r[0], *map(int, r[1:]))
Base(Locus='chr1:6484996', Total_Depth=1030, Average_Depth_sample=1030, Depth_for_17=1030)

请注意，您应该针对行而不是Base类进行测试：

if row.Total_Depth >= 15:

在循环内，或在收集行的新循环中。

于 2013-07-19T14:29:12.307 回答