python - 在 python 中运行斐济脚本

Question

我正在尝试通过调用 Fiji 将自制的 Fiji 脚本在 Python 中晒出，但是关于如何做到这一点的文档很少。我需要的是这样的：

    def myfijiscript:
        [CODE]

然后在 Python 中：

    fiji(myfijiscript)

有没有办法做到这一点？

Answer 1

Fiji 中的 Python（或者，准确地说，Jython）脚本是使用org.python.util.PythonInterpreter该类执行的（参见源代码）。

在从 Python 启动的 Java 实例中运行 Jython 脚本没有多大意义，但请看一下关于如何在 python 中运行外部命令的这 两个问题。您可以将脚本保存在文件中myscript.py，然后执行以下操作：

call(["./ImageJ-linux64", "myscript.py"])

从命令行使用ImageJ 启动器。

另一种方法是使用 ImageJ 作为库，只需导入脚本所需的类，正如其他人所建议的那样：

from ij import IJ