我目前正在构建一个基于Gillespie's algorithm. 从一组食物开始，{H,O,N,C}我让我的系统进化，我一直将我的分子存储为 SMILES 格式的字符串。
例如：
[O] reacts with [H] --> [O] ([H])
[O] ([H]) reacts with [H] --> [O] ([H]) ([H])
使用方括号，我能够使系统中的分子与它们的 SMILES 解释保持一致。
然而，这个存储系统只允许我构建线性分子。
例如，我如何创建一个碳环，以便在 SMILES 中将其解释为只有一个碳原子环，没有氢原子？
例如 C1CCCCC1 给出http://www.chemicalize.org/structure/#!mol=C1CCCCC1&source=calculate我如何在没有 12 个氢的环中生成 6 个碳原子？