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我试图从一个文件中的位置扫描到第二个文件中的位置，以查找特征是否在它们之间重叠。

我有一个文件 Pt 看起来像这样：

chr10   0   60985
chr10   60988   60990
chr1    165014865   165014867
chr1    1161693 1161695
chr1    158851689 158851689
chr10   64766   64767
chr10   63600   64703
chr11   647696  647697

并归档 a（它当然有很多行，如下所示）：

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chr1    211021468   chr1uGROUPERuDELu4u5565 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AAGCACCAAAGCAGTATCAAATCCAGATCTAAATCTGTTAACTACTTGTTAAAACTCAAAGCTCATAGTCTTTAGAGAACATTTTGGGTCAAACTAAATGATCTTGGTTCTAGGGCAGTAGGAATAAGGTAGCAAAGAAAAAAAAAAGGCAGCTGTTCATTTGATGCCTAAATGTTCACAGTGTACACACAATGCTGAAGCTACGCTTTGTAACTCTTAAGTGTTATTTCTTTTGCTAATAAATGCATTTTATGTAAGGAAAGACTTTGAAAAACAGTATCTCCAGATAGAATGGAAGCTGGGCCACCTTGCTAGGCTCTCCTACACCCCAATCGCATTTTCCAAAGTAGGGAGAAAGGTACAGTTCAGAACCTCTGTTTTTCAAACTGGAATAAGGCCTCTCTCTTACTTTTCCCCCAACTCTTTAAGACAGACAGTTTTTATTTTGAAACTTGGCCTAGATTGTGGGGCAAAGCACAACCAAATGAAATGGGTGAATTCCCATTTTGATCCTTATTGTCATTCTCCATCTCAGGTAGCTGATGGATCCAGGCTAAATGTGGGTCAAAAAGTATGTTATAGATCAGCTTTAGTTGAAAAAAAATGTGTATACACCAATACAACTCAATGGGGGAATAAAAACTTTTTCAACAAATAGTGTTAAGACAACTGGATATCTGCATGCAAGTGAATGAAGTTGGACCCCTACCTCACACCATACACAAAATTTAACTCAAAATGGATGATAGTCTTAATTGTAAGAACTAATGCTCTAAAACTCTTAGATGAAAATATAGGGGCAAATCTTTATGACCCTGAGTTAGGCAAAGCCTTTTTAATTGTGACACCAAAAGTACAGTCTACAGAAGAAAACTAGAAAAAATGGACTATATGAAAACCTAAACTTTTGTACTGCAAAAGATACCATCAAGCTAGTAAAAAATGCAACCCACAGACTCGCAGAAAATATTTGCAAATAAAATACCTTATAAGAGATTTGTATCCAGAATATATTACAAAAAACTCATAACTCAATAGTGAAAAAATAACCCAATTAAAAATAGGCAAAGAATCTAAATAGACATTTCTCCAAAGAAGATATAGAAATGGCCAATAAGCACATGAAAAGATGTTCAACATCCCTAGTCATACGGGAAATGCAAATCAAAATCACAATGAGACATCACTTTACACCCATTAAAATGGCCATAATCAAAACGACAAGTGTTGGTGATGATGTAGAGACATTAGAACACTGAAATTGTTGGAAGAATGTAAAGTGGTGCAGATGCTTTGGAAAACAGTTTAGCAGTTCCTCAAGATGTTAAATGTGGAGTTACCAGATGACTCAGCAATTCCACTCCTAAGTCTATACCCAAAAAAGGCAGAAACAAATGTCCATATGAAAACTTGTACATGAATGCTCATAATGTTCATAGGAACATTGTTCATAATGGCCAAAAATGTGAAAACAGCCCATATACCCATCAACTGATGAACAGATGAATTAGATGTGGTATAGCCATACAATAAATTATTATTCAGTAATAAAAAGGAATGAAATACTGATAAATGCTACAAAATATTAGAACCTTGAAAATGTTATTCCAAGTGAAATAAGCCAGTCACAAAAGACCACATATTGTACAATTCAATTTATATGAAGTGTCCAGAACAGGTAAATCTACATTTAGAGAAAGTAGATTAGTGGCTGCCTAGGGCTAGGAAATGTGAGGAGAAATGGAAAGTGACTGAAAATGGGTATGGGGTTTCTTTTGGGAGTTATGAAAATGTTCTGAAATTGATAGTGGTGATGGTTGCACAACTCAATAATATACTTAAAACTATTGAATTGTACATTTTAATTATGCAAATTGTATGGTAGGTGAGTTTTATTTCAATATTTATATCCACACACACCTACACATAGAATTATATGTATATGTTTACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATGTGTCCAAAGCAAATTCATATTAAAGTGGGGGCAATGTCAAGTATAGAAAACCACCCACAGATACTCCTCTGCTTTAGCCTAACATGTGGCTGTGTGACCAAAGGTACTGTGAAAAGCAATTAGATGGTGTTTTCTGAAAAAAAATTTTATTGAGGTATAATTTACATGTGACAAAGTACTCCCATTTCAGTTCATAGTTTGATGTGTTTTCACAAATGTGACCACCATATAACCAACACATTCAAGATACAGAATATTTTTATTACCCCAAAAAGTCCCTTGTGCCCCTCTGTCTCAAAATGCCCAACCCTAGGCAACAATTGATCTACTTTATGTCATTTTAAGTAAGTTTTGCCCTTTTCTATAATTCCAGATAAATTAAATCCTACAGCATGTACTATTTGGGACCTGGACTTTTTTATAACTCAGGATAATATATTTGAGATTCAACCATGTGTCATGCATATCTCTAATACATTGCTTTTTTATTGCTGAGAGTATTCCCTTATATAAATAGACTAAAGTTTGTTTTGCACTCATCTGCTTAAGGACATTTGATATTTTTCCCTCATTTTAGTTATTATGAACACTGATATACAAGTTTTTGTGTGAACATATGTTTTCACTGCTCTTTGGTAAATGAACAGAAGTGGAAACACTAGGTCTTATAAGTGTATGCCTAACTTTATAAGAAACTGCCAACCTGATTTCCAAAATGTTAATACTATTCTACATACCCACAAGCAATATATGTAAGTCTTTTTAATTGTATTCATATAGTGGGTATCTCATGTAGTTTTCAATTGCCTTTCCTTGATGACTAATTAAATGGAACATCTTTTCATGTGCCTTTGGCCATTCATGTGTGCGTGTAAAGTGTCTGTCCAAATCTTTTGCCTATTTAAAAAATTTATTTTTAATTGAGTTGTATAAGTTTTTTTTAATACATTCTGGATTCAAACCTTTATCAGCTTAGTCTGTGGCTAAAAATTTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTCTTAATAGTGCCTTTGATAAAGTCTAATGTATAATTTTTTCTTTTATGTTTCAAATGTTTTGTGTCGTAAGAAATCTTCGCATATGCCAATGTTGAAAAACTTCTAGTTTTACAGTTTTAATTTTTATGTTTCAGTATACTACCTATTTCAAGTTAATTTTTGAGTCTACAGTAAAGGGTTGAAGTTCATTTTTTGTATATGAATATCCAATTTTGTAGAACCATTTGTTGAAAGCCTATTTCCCCACTAAAATATCTTCTTAACAACATTTAATCACAAGATTCTTCATTTCCCTTTTATAGTCACACCCACTTCCTTCCAACTTTCCTTTAATCCTCTTCTCATTAACTCCTACCAACCACTAATCTGTTTTCCCTTTCTATAATTTGGTCATTTCAAGAATATTGACTATATGGAATCATAAAGTATATAACCTTTTGGGATTTGCTGTTTATTCTTTGCATTTATCCATGTATGATGTTTTTCCTTCATTTGTATAGATCTAAATTTCATTGATAGTATTTGCCTTGCATCTGAAGAACTTGCATTTTAAGTCAGCTGGTGAATAATTCTGTCAGCTTTTGTTTGCCTGAAAAAGTTTTTATTTCATATTTATTTTTGAATGGTATTTTTATTGGATATAGAATTCTAGGTTGACAGTTTGCTGTTTTTGTTACAGCTCTTTAAAGACGTCATGTCATTTTCTTCTGATTTAAAAGTTTCTGACAAGACATATGTGAGTATTGTTATCTTTGTTCCTCTGTATGTAATTTTTTTGTCAGCTCTTAAAATTTTCTCTTTATCAATTTTGTTCAGTAATTTGATCATGAACTCCTTTGGTGTGATTTTATTTTGTGTTTATCCTTCTTGGAGTTGTTGACCTGCTTGGATCTATGAGTTTATAATTTTCATAAAATATGAAAAGTTTTTAGCCACTACTTGTGATATTTTTTCTGCCCTTCATCCTTTCTGGGACTCCAGTGATATGCATATTTACAATAGCTGCTTAAAAGACCTTGTTTGTTAATTCTATTTTCTCTGTCATTTTAGGTCTATTTCTGTTAACTGATTTTTCTCCTAGTTATAAGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTTTAGGCATGCCTGGTAATTTTGGATTGGATGCTGGACATTGCGCCTTCATATTGTTGAATGCTGGATATTGTCCTCTTTAATGGATGTTGAACTGTGCTCTTACTGGCAGTTAACTTAATTACATATCAGCTTGATCCTTTTTTAGGCTTTATTAAAACTTTATTAAGTAGACTTTACTCTAGGGCTTATTTAGTCCTATAACTAAGCTGTGACTTATTTTGGAATGCCCTCAATATTAAGCAAGGACCCTAAATTTACCCTGGCTGGTCATAACTCAAACTTCTACCAGCCCTGTATTGCCTCTGGAAATATTCAACTTACAGATACCTGGTAGTTCTTTGCCTGGCTTGTGCAATTTCAGCCTACATATAGCAGTCAGCTGTAGTTACAAGAGGAATGCTATAAAGATCCTCAGCATTTTCTCTACTGAGCACATTCCAGCCACTCAGCCTCTTCAAATTCAAATTTTTGTCTTCTCAACTCTGTGATATCATGCTCTTCTTGAGTGTGTATTGTGGTCCAGAAAGTATCTCCAGGCAGAAAGTTGGTATTATCATAGGTCTTATCTCATTTGTTTCCTTTCTCTGAGGAGTCACAGAACTGTACTAATTACCAAAAGGAGTTTTTTTCATAGATTTTTGTCTGGTTTTCTAGTTGTTTACAGTAAGAGAATAAGTCCAACTCCATTCACTCTCTTGTGTCTGGAAGTAGAAATCACTGATATTATCTATGTTAATACAGTGAAAAAACATCCAGTGTTGTCCCTCTTTCCATCCTCACCCCCACACCTCCACCACTAATACTGTCTCAGTGATGTGCAATATCCAAGGCTTGATTTAGGTCTAATGAAT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 A   100 PASS    CLUSTER_NUM=25425;CONTIG=TGGAAGGCAACTGTCGTTTAAGATGAAAAACAGTGATAACTGCTGAGAAATCTCAGCCTTAAGTGTGTTGAAAGTTGATAATGTCCATCTATGTGGTGAACAATTTGTGAAACAAGACTGTCAAAGAGAGTTATAGGTTCTTGGAAGTAAGAGGCAACATCTTATGATCAAGCTGTTGGGTTATCTCTTTATGATCTTCAACTACACTAAGAAGTGTGTCAATTGTATTCAGAATTCCCATAGCAGTAACTGCTTTGTCATCACTACCTTCTTCATCTGGCCCTGTCTGGATTACTTGGCTAAATGTCATTGCCAACTGTTGTGTCATTTCTACTGCAATAGGAGTAACTTCTTCACTATTTTCACAGATCATTTTCTGAATTACATTGGTAAGGTCATCATTTTCTGTTTCTGTTATAATATGAAGAAGAGCCTGCATTACAGGTCTGATAAATGCTGTGATACATTCTTTAGATTTTTCTTGATTGCTGATAAATACTTGAAGGACAATGGCAGCTTCCACTTTCACAGGCATGTCTCTGTCATCAATCAGACA;CONTIG_NUM=24722;DOWNSTREAM=TCAAGCTGTTGGGTTATCTCTTTATGATCTTCAACTACACTAAGAAGTGTGTCAATTGTATTCAGAATTCCCATAGCAGTAACTGCTTTGTCATCACTACCTTCTTCATCTGGCCCTGTCTGGATTACTTGGCTAAATGTCATTGCCAACTGTTGTGTCATTTCTACTGCAATAGGAGTAACTTCTTCACTATTTTCACAGATCATTTTCTGAATTACATTGGTAAGGTCATCATTTTCTGTTTCTGTTATAATATGAAGAAGAGCCTGCATTACAGGTCTGATAAATGCTGTGATACATTCTTTAGATTTTTCTTGATTGCTGATAAATACTTGAAGGACAATGGCAGCTTCCACTTTCACAGGCATGTCTCTGTCATCAATCAGACA;END=211033725;NS=1;READSOURCES=(0:33:68,1:0:69);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-12257;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=TGGAAGGCAACTGTCGTTTAAGATGAAAAACAGTGATAACTGCTGAGAAATCTCAGCCTTAAGTGTGTTGAAAGTTGATAATGTCCATCTATGTGGTGAACAATTTGTGAAACAAGACTGTCAAAGAGAGTTATAGGTTCTTGGAAGTAAGAGGCAACATCTTATGA;ensembl_gene_id=ENSG00000143473    GT:GQ   1/.:.
chr1    249175897   chr1uGROUPERuDELu4u25993    CCATACTGAACTATTAAAGTTATTTGAAATGACAATTGTAATAATATCTTCCTTGAGGAGTTCTACAATCTTTGCTGTTATTTCTTTAAGTCCTTCCTTTAATGAGTACTGTTTGGTGCATGTAACCTGCTGTGGTGTAGACAGTGTTATGGACTTCATTTTAATTTGAACTAGGTTAGAAAATTTTAGTTCCTCTAGTTTCCTTTAATATAAGTTAAAAAGATTTGGAATAAAATTCATTCCTGTAATGTCTTATAATTTGGGTGAGCAGTAAAAAGTGCATAGAGCAGTATAGAAGCAGAGG    C   100 PASS    CLUSTER_NUM=140439;CONTIG=TACTGAACTATTTAGATATCCCTGTGGTAATGTTTTGAATTGGTATTGTTTACCTTCCCATGTAAAGTTGGTATATTCCTGGCTTGCTTTATTTATTGGTTTGGCAAAGAACACATCTGACATGTCTATGATTGTATAGTATTTGTCATTATGATTAATGATCTTATTAACTAGCTCTTCTACATCTGGTAATGCTCTTGGCATTTTAGTTGAGACTTTATTTAAATTTCTATAGTCAATAGTTAATCTATAGCTCCTGTTTGTTTTTAAGACAGGCCAAGAAAGCTTCAAGTTTATTTACCTCTGAGTCCTTCTGTATGAATGTTTATTGTGGGATCTGGCCAGCAGCCCGCAATGCAATGGGGCTCTCTCTTTGTTCCCAGGCAGATCGGCAGGTTGAGAAATAATAGACACACACAAGATAGTGAAAGCTGGGTCCAGGGGGGTCACCGCCTTCTGGTCCCACGGAGCCAAAAATGCACGGGATATACCAGCATTTATTATTAAGTTTAGTGAGGGCAGGGGTAGGTTAGTGAGGGATTTAGGGTCATTTGATTATGAGGTTAGATGGTCACATGGGGATGAAGTAATTCTTTAACATAACATCTGTATGCAGAAGTACAGTAT;CONTIG_NUM=136911;DOWNSTREAM=CAAGAAAGCTTCAAGTTTATTTACCTCTGAGTCCTTCTGTATGAATGTTTATTGTGGGATCTGGCCAGCAGCCCGCAATGCAATGGGGCTCTCTCTTTGTTCCCAGGCAGATCGGCAGGTTGAGAAATAATAGACACACACAAGATAGTGAAAGCTGGGTCCAGGGGGGTCACCGCCTTCTGGTCCCACGGAGCCAAAAATGCACGGGATATACCAGCATTTATTATTAAGTTTAGTGAGGGCAGGGGTAGGTTAGTGAGGGATTTAGGGTCATTTGATTATGAGGTTAGATGGTCACATGGGGATGAAGTAATTCTTTAACATAACATCTGTATGCAGAAGTACAGTAT;END=249176200;NS=1;READSOURCES=(0:44:63,1:0:64);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-303;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=TACTGAACTATTTAGATATCCCTGTGGTAATGTTTTGAATTGGTATTGTTTACCTTCCCATGTAAAGTTGGTATATTCCTGGCTTGCTTTATTTATTGGTTTGGCAAAGAACACATCTGACATGTCTATGATTGTATAGTATTTGTCATTATGATTAATGATCTTATTAACTAGCTCTTCTACATCTGGTAATGCTCTTGGCATTTTAGTTGAGACTTTATTTAAATTTCTATAGTCAATAGTTAATCTATAGCTCCTGTTTGTTTTTAAGACAGGC  GT:GQ   1/.:.
chr10   20219603    chr10uGROUPERuDELu0u11231   AAAAAAAGGCTGGCACGGTGGCTCACACCTGTAAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGGTCACCTGAGGTTGG   A   47  PASS    CLUSTER_NUM=60987;CONTIG=GTATACTGATTTTGGAAAATATGTCAGCTCAATTTGGAAGATTGCTAAACCACCTAAAACAGAGCCTGTTTAAAAAATAAATAAATAAAAAATAATAGTTCAAGGCCAGCCTGACCAACAAGGTGAAATCCCATCTCTACTAAAACTACAAAAATTAGC;CONTIG_NUM=59978;DOWNSTREAM=GAGTTCAAGGCCAGCCTGACCAACAAGGTGAAATCCCATCTCTACTAAAACTACAAAAATTAGC;END=20219683;NS=1;READSOURCES=(0:7:18,1:0:60);SOMATICSCORE=40;SVLEN=-80;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=GTATACTGATTTTGGAAAATATGTCAGCTCAATTTGGAAGATTGCTAAACCACCTAAAACAGAGCCTGTTTAAAAAATAAATAAATAAAAAATAA;ensembl_gene_id=ENSG00000120594   GT:GQ   1/.:.
chr11   56932527    chr11uGROUPERuDELu1u8703    CCAGAGCACATCATGAGATCCTGGAGCCAGACCTAGAAACCTATTAAACAAGGGAACCCCAGCATGTCTCATTTATTACCCAAAGGAAGGAAATTAGCATCACATGTATAAAGCACTCAGTAGTCTATAAAATGCTCTTAGCAATTCACTTCGTGAGGAAGTGCCTTTTCCCACTTCCACAGAGGGATACCGAGCCTCAAGGGATTAGGAGACTAATCCAGGCTCACACAGCTGATAAGGAACAGCCCAGACATTTTGGCCCAGTGCTGCTAGCCCTCAATCTGGTGCTTTGCCCTCTGCACCGCCTGCCATGCAGGGAATACATGTTAATATCTCTCTGTATTAGTCTGTTCTCATGCTGCTAATAAAGACATACCCAAGACTGGTTAATTTATAAAGGAAAGAGGTTTAACTGAATCACAGTTGCACATGGCTGGCATCATGGTGGAATGCAAAGGAGGAGCAAGGCCACATCTCACATGGTGGCAGGCAAGAGGGCATGTGCAGGGGAACTCCCCTTTATAAAACCATCAGCTCTCTGCTGGGTGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGACGGGTGGATCACCTGAAGTCAGGAGTTCGAGAACAGTCTGGCCAACATGGCGAAACCCCATCTCTATTAAAAATACAAAAAAAAATTAGTTGGGCGTGGCAGTGAGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCGAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACCTGAGCCCAGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGATAAGAGTGAAACTCGGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCACATCTCACGAGACTTATTCACTATCATGAGAACAGCATGGGAAAACCCTGCCCCCATGATTCAATTACCTCCCACTGGGTCCCTCCTATGACATGTGGGGATTATTACAATTCATGGTGAGATTTGGGTGGGGACACAAAGCCAAACCATATCACTCTCTTTCTTGGCCACAGGTGGACTTGAAAAACCCTTTCCCTTAACCAAGCAGGAGCCCCAGTAGCTGCTTTGTTCAACGTCTGTTTCTCTAAGGTCTCCTACTCTGGAATATTTAGGAAAACCCAAGGTGGCTCAAAAAGATCATCCCTGTACCAAGCCTCAGGGATTCTAGTGTGACCCAACCTCTCCCAGTCCCTATAGGCATCTCTTTCAAACATCAGAACTGGTGCAGACTCAATAGAAGAAAGGTGTGACTCCAAGATGTCCTCCCTCACAGCCCTTTATCACAATGGGGCTCTCTTCACCGTAGAAGGGAAGGCTGAGGCTCAGAAATATGGTGTAGGCTTGGACTTTGGAAGGAGAATGACTAAGCTGAAGTTCTTCCTCTGCCATTTACAAGCTGTGTGACTTTGGAAAACTTTCTTAATGTTTTTGCTTTTAATTTCCTCATGTATAAAAGATGGGGTTGTCATACTTAGGTTTAAGACTATTGCACGTGCCTGTAATTCTAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCTGGCCAACATGGTGAAACACCATCGCTACTAAAAATATAAAAATTAGCCAGGCATGGTGATGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGATTCGCTTGAACCTGGGACGTGGAGGTTGCGTTGAGGCAAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAATGAGACTCCACCTCAAAAAAATAGAAGACTATTGCAAAGATTTTAAAAGATGGCACAGGTACAACACTGAACACAGTGTTTCATGAGTGACAGTCATAAGCTTTTCTACCACCTAACTGTGTTACTTTTAGCAAACTACCTAATTTATCTCGGCCTCGGTTGTTTTGTGATTCTTTTCAAGGGAAAAAAAAAGCACCTCCCTTCATAAGCCTGCTATAAGAACAATATAAAATAGTTGACATAAAGCACTTAATCTCTTGCCTGTCACAGGAAAGGTGCTCAACACCTGTTAGCTCTGTGTTGATGTCCCCAGATCAGAGAGCCAGAAAAGGAGGGCTAAAGTTCCAACCAGGATCTTCTGGTTCCAACCCAGCAGCACCTGAGCAAGGTTGATAATGGTAAAGAAAAGAAGAAATAAGCAATAGGGGCCTCACAAACACAGGCAGGAATAAATCACTCCCATGTGGCAGTTTTCTGTGCCTGACCCAAGAGATAGGTGTTGCACCTTTATCCATGTGGACAGATAAGAAAGAGCAAAGGGCATAGGTCACAGAGGTGAGTATGACCTCATTGCAGTGCCAGGATATTTCCAGGCAATTGGCAAGACTTATTGACAATCATCCAATAAATAGGATAAATAGTTCTTACTTCCCAAGTGCCTGGGAAGAGAGCTTGCAGCTCTTTCCAATTCCTGCCTCTCATCTCTTCCTCCTCGGACACTGCAGCTCTCCGTTTCTGGAAAATCTCAGGGCAGAATCTGGGCTCCTTCCCACTTTCCTCTGTCCAGAATTCTAAGGATGCCTGGGAGAAGGCATCTGCCCTGAATGAATGGGTCAGAGGCATGATTCCAAGTGACTGGCTGGTAATTGGAAGAGCTCAGTGGTCTGGCTGGGGAGATGAGAGCCTGCTAAGCACATCTGGCCAGCATCAGAATCACAAATTGAAGAGAGCTTGGAAGGACTCAGCCCCCACTGACATTCACAAAGGAAGGAAAATGTAGGGAGCCAGACAGAAAGGAGTGATGCTCTTCAAAGTCAACAGGCTTATAACAAACACCATCTCATAGGTGAAAGTGGGAGCACAGAACAGGCACACTCAGCTAACACACAGCTTTCTGAGGGAGGTCATCCTCCACCAAATGAAAATAGCCCTGCTTTTTCATTTTTTAATTTTTATTAATTTTTAAATCAACAAATAAAAATTATATATATTGGCCAGGTACAGTGGTTCATGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGACGCCAAGGCAGGAGAACCACTTGAGACCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGACAACATAGTGAGATCCCATCACTACAAAAGAAAAAATATTTAAGGAAAAAAATTGTATATATTTATGGCATACGATGTGAAGTTTTGACATATCTACACATTGTGAAATGATTAAATCAAGCTAATTAACATATCCATCATGCCACATCCTTAAATTTTTATGGTGAGAACATTTAAGATCTATCTCAGCAATTTTGAAGTGCATGCTATTGTCACCATGCTACACAATAGACATCCAGAATTTATTCATCTTGTCTAGCTGAAACATTGTATCCTTTGACCAACATCTCCATACCTCTCCTGCATACCTCCCAGCCCCTGGTAACCATTATTCTCCTCTGCTGCTATGAGTTCGATTTGTTCGGATTCCACATATAAATAAGATCGTGCAATATATTTCTGTTTATGCCTGGCTTATTTCACTTAGCAAAATGTCCTCCAGTTTCATCCATGTTGTCACAAATGACAAGATCTCCTTCTTTTTTAAGACTGAATAGTATTCTATTGTGTACATGTACCACATTTTCTTTATCTGCTGTATTAGTCTGTTTTCACACTGCTGATAAAGACATATCCAAAACTGGGAACAAAAAGAGGTTTAATTGGACTTACAGTTCCACATGGCTGGAGACGCCTCAGAATCATCACAGGAGGTGAAAGGCAGTTCTTACATAGCAGCAGCAAGAAAAAATGAGGAGGAAGCAAAAGCAGAAACCCCTGATAAACCCATCAGATCTCATGAGACTTATTCACTATCACGAGAATAGCACGGGAAAGACCGGCCCCCATGATTCAATTACACACTCCCCGCCCCTGCTGGGTCCCTTCCACAACACGTGGGAATTCTGGACAATATAATTCAAGTTGAGATTTTGGTGGGGACACAGCCAAACCGTATCAT C   100 PASS    CLUSTER_NUM=52260;CONTIG=CTTCTACCCCTGGCAGTGCAAAGTCCAGGACCAGGCAGGTGGGGGGTGCTGGAAAAGTTAGCAATTGAGTGATTGTACAGCCAATTTGTCACTTTCATGGGATCGGAGTGAGGCTATCTCAGAATCTTCTGTATCTACTTCATCTCTTGCTCTTTCCATTCTTTGATACTTTGACACATCCACATCCACTGCTCCTGGCCCCTCCGAATCTCATGTCCTCACATTTCAAAATCAATCATGCCTTCCCAACAGTCCCCCAAAGTCTTAACTTATTTCAGCATTAATCCAAAAGTCCACAGTCCAAAGTCTTATCTGAGACAAGGCAAGTCCCTTTCACCTATGAGCCTGCAAAATCAAAAGCAAGCTAGTTACTTCCTAGATACAATGGGGATACAGGTACTAAGTAAATACTGCTGATCCAAATGGGAGAAATTGGCCAAAACAAAGGGGCTACAGGGCCCATGCAAGTCT;CONTIG_NUM=52670;DOWNSTREAM=TCTGCTCCTGGCCCCTCCGAATCTCATGTCCTCACATTTCAAAATCAATCATGCCTTCCCAACAGTCCCCCAAAGTCTTAACTTATTTCAGCATTAATCCAAAAGTCCACAGTCCAAAGTCTTATCTGAGACAAGGCAAGTCCCTTTCACCTATGAGCCTGCAAAATCAAAAGCAAGCTAGTTACTTCCTAGATACAATGGGGATACAGGTACTAAGTAAATACTGCTGATCCAAATGGGAGAAATTGGCCAAAACAAAGGGGCTACAGGGCCCATGCAAGTCT;END=56936485;NS=1;READSOURCES=(0:21:23,1:0:65);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-3958;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=CTTCTACCCCTGGCAGTGCAAAGTCCAGGACCAGGCAGGTGGGGGGTGCTGGAAAAGTTAGCAATTGAGTGATTGTACAGCCAATTTGTCACTTTCATGGGATCGGAGTGAGGCTATCTCAGAATCTTCTGTATCTACTTCATCTCTTGCTCTTTCCATTCTTTGATACTTTGACACATCCACATCC    GT:GQ   1/.:.

我使用了一个代码：

out = open('/home/istolarek/OUTintersectPT','w')
masterlist = [row for row in Pt]
for line in a:
    g=[]
    if line.startswith('chr'):
        line = line.strip().split()
        g.append(line[0])
##        print line[0]
##print len(w)
    for row in masterlist:
        row = row.strip().split()
        f = range(int(row[1]),int(row[2]))
        w=[]
        for i in g:
            if i == row[0]:
                w.append(int(line[1]))
                for i in w:
##            print line[0],row[0],line[1]
##            out.write(str(line[0])+'\t'+str(row[0])+'\t'+str(line[1])+'\t'+str(f)+'\n')
                    if int(i) in f:
                        out.write(str(line)+'\n')
                    else:
                        break
            else:
                break
out.close()

这段代码似乎可以工作，但需要太多时间。

因此，如果两个文件中的第 1 列匹配，请转到比较第二列。文件 a 的第二列只是一个数字（行 [1]），在文件 Pt 中，它是一个值范围 f = range(int(row[1]),int(row[2]))。因此，如果关于匹配第 1 列（这些与 chr 值）的第一个条件，并且如果文件 a 中第二列的值在 f 的范围内，我想将这些行写入输出。

我又写了一篇：

我写： 

masterlist = [row for row in Pt]

for line in a:
    line = line.strip().split()
    for row in masterlist:
        row = row.strip().split()
        b = int(line[1])
        f = range(int(row[1]),int(row[2]))
        if (line[0] == row[0]):
            if a in f:
                print b,f

这两者应该是匹配的。但该脚本仅报告 Pt 文件中的第一个 ontry。如果第一个条目不匹配，则输出为 none。我希望脚本输出所有匹配项

我和这个斗争了很长一段时间。

4

2 回答 2

1

至少，不要这样做：

row = row.strip().split()
f = range(int(row[1]),int(row[2]))
w=[]
print row[0]
if (line[0] == row[0]):
    w.append(int(line[1]))
    for i in w:
        if (int(i) in f):

反而：

f = int(row[1]), int(row[2])
...
        if f[0] <= int(i) <= f[1]:

或类似的。

于 2013-07-17T09:55:47.180 回答
1

好吧，首先，您正在循环a，但是您在循环内部分配了一个值a，因此它不太可能走得很远。

其次，我认为这strip().split()是多余的。您不需要strip()，因为它隐含在split().

第三，您应该只split在主文件中的每一行执行一次。您正在为每一行输入执行此操作，这势必会增加处理时间。

我不完全确定我是否从您的代码中理解了您的要求，但在我看来，这些方面的内容应该可以帮助您：

import sys
from collections import defaultdict
master = defaultdict(list)
with open('Pt') as Pt:
    for entry in Pt:
        n, low, high = entry.split()
        master[n].append(map(int, (low, high)))

with open('a') as a:
    for line in a:
        n, i = line.split()[:2]
        for low, high in master[n]:
            if low <= int(i) <= high:
                sys.stdout.write(line)
                break

解释：首先读取并处理一次主文件中的所有数据。在defaultdict中存储主数据在这里很方便，因为它允许您仅扫描与第一列匹配的行。 map(int, ...)转换为整数。

在处理输入文件时，我们可以使用第一个值检索与第二个值进行比较的范围。由于masteris a defaultdict(list)，如果第一列没有匹配项，我们将最终迭代一个空列表。

请注意，您使用的原始代码range()将等同于条件

low <= i < high

您必须根据需要调整比较运算符。

更新哎呀。我把break外面的条件。修复后，我得到以下三个项目：

chr1    1161693 chr1uGROUPERuDELu0u832  TGCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCCTGTACGGTCAGGAGGAAACATGGCACCTCCCCTCTGGGG    T   63  NormalSupport;MinSampleCount;LowSomaticScore    CLUSTER_NUM=5454;CONTIG=GGTGCAGGGAAGCAGGAAGGAAGTGAAGCTCAAAAGCCCCTAGGACAGGGCACCTCCCCTCTGGATGCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCTTGTACGGTCAGGAGAAAACACATCCCACAAG;CONTIG_NUM=5840;DOWNSTREAM=GCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCCTGTACGGTCAGGAGAAAACACATCCCACAAG;END=1161756;NS=1;READSOURCES=(0:3:0,1:2:13);SOMATICSCORE=19;SVLEN=-63;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=GGTGCAGGGAAGCGGGAAGGAAGTGAAGCTCAAAAGCCCCTAGGACAGGGCACCTCCCCTCTGGAT;ensembl_gene_id=ENSG00000078808   GT:GQ   1/.:.
chr1    158851689   chr1uGROUPERuDELu3u4452 GGGGAGTAATTCTTATTCATGATATGAAAACTCTAATGTGTTTCTTATTCCAGAAAA   G   100 NormalSupport   CLUSTER_NUM=25182;CONTIG=CATATTTTGCTATATCTCACATCATTGTTCATCTGATAATATATGAAAACTACAATGTGTTTCTTATTCCAGAAAGGGGAGTAATTCTTATTCATGAATAAACACTGAAGGAGAAAGATTATGGATCATAGTGGGAAAAGCCACAATACCATCTACATTC;CONTIG_NUM=24300;DOWNSTREAM=GGGAGTAATTCTTATTCATGAATAAACACTGACGGAGAAAGATTATGGATCATAGTGGGAAAAGCCACAATACCATCTACATTC;END=158851745;NS=1;READSOURCES=(0:11:0,1:3:18);SOMATICSCORE=55;SVLEN=-56;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=CATATTTTGCTATATCTCACATCATTGTTCATCTGATAATATATGAAAACTCCAATGTGTTTCTTATTCCAGAAAG;ensembl_gene_id=ENSG00000229849    GT:GQ   1/.:.
chr1    165014865   chr1uGROUPERuDELu3u7344 ACTGGCATTAGCTATGCTTCCTTAGGCAGACAGCATGTTGAGAAATTCACATTCATCAG A   100 NormalSupport   CLUSTER_NUM=40249;CONTIG=CTCCAGTAAAGAGCATCTTTTAATGAAGTGTATCTGCCTGGGCTAGAAAGGCAGCTGCCTCCACTAAAGCAGGGCTGGTCCAGAAATATTACCACTTGCCTAATCCTTATAGTAATCCTAACTGGCAGGTATTATTATATCCCAATTCACACACTTAGAGG;CONTIG_NUM=38845;DOWNSTREAM=CTTGCCTAATCCTTATAGTAATCCTAACTGGCAGGTATTATTATATCCCAATTCACACACTTAGAGG;END=165014923;NS=1;READSOURCES=(0:32:0,1:9:18);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-58;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=CTCCAGTAAAGAGCATCTTTTAATGAAGTGTATCTGCCTGGGCTAGAAAGGCAGCTGCCTCCACTAAAGCAGGGCTGGTCCAGAAATATTACCA  GT:GQ   1/.:.
于 2013-07-17T12:50:41.163 回答