c++ - 在 C++ 中读取 ped 文件。

Question

是否有任何 C++ 库来读取 ped 文件（http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/data.shtml#ped）？

Answer 1

从 PED 到 BED 文件的转换

To convert myPlinkTextData.ped and myPlinkTextData.map in Plink binary format, use Plink as follows:
plink --file myPlinkTextData --make-bed --out myPlinkBinaryData 

来源：http ://www.shapeit.fr/pages/m02_formats/pedmap.html

用于读取 BED 文件的库

https://github.com/fadern/libplinkio（来自 vinash85 评论）

阅读 PED 文件似乎在路线图 (1.0) 上，但我找不到有关何时或是否会达到 1.0 的任何信息。

编写自己的 PED 文件库

命令行工具的源代码plink可用：

http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml

因此，如果您需要一个可以完成所有工作的库，您可以获取其中的一部分，libplinkio以及将它们组合起来。

Answer 2

可以通过https://github.com/fadern/libplinkio读取 ped 文件。但它以二进制格式读取 ped 文件。当文件转换为转置二进制格式时也是如此。通常在 ped 格式中，基因型编码为 A、G、C、T 或 1、2、3、4。这代表原始序列。libplinkio 库对主要/次要/缺失等位基因使用 0/1/NA 编码。这可以通过使用 plink http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/download.shtml plink --make-bed ...