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美好的一天，我正在寻求一些帮助来处理我的数据集。我有 14000 行和 500 列，我试图获得不同列组中各个行的一阶导数的最大值。我将数据保存为数据框，第一列是变量的名称。我的数据如下所示：

 Species   Spec400   Spec405   Spec410   Spec415
1  AfricanOilPalm_1_Lf_1 0.2400900 0.2318345 0.2329633 0.2432734
2 AfricanOilPalm_1_Lf_10 0.1783162 0.1808581 0.1844433 0.1960315
3 AfricanOilPalm_1_Lf_11 0.1699646 0.1722618 0.1615062 0.1766804
4 AfricanOilPalm_1_Lf_12 0.1685733 0.1743336 0.1669799 0.1818896
5 AfricanOilPalm_1_Lf_13 0.1747400 0.1772355 0.1735916 0.1800227

例如，对于物种列中的每个变量，我想获得从 Spec495 到 Spec500 的最大导数。这是我在遇到错误之前所做的。

x<-c(495,500,505,510,515,520,525,530,535,540,545,550)##get x values of     reflectance(Spec495 to Spec500)

y.data.f<-hsp[,21:32]##get row values for the required columns

y<-as.numeric(y.data.f[1,])##convert to a vector, for just the first row of data

library(pspline) ##Using a spline so a derivative maybe calculated from a list of   numeric values

我真的很想避免使用循环，因为它需要时间，但这是迄今为止我所知道的唯一方法

for(j in 1:14900)
+ { y<-as.numeric(y.data.f[j,]) + a1d<-max(predict(sm.spline(x, y), x, 1))
+     write.table(a1d, file = "a1-d-appended.csv", sep = ",", 
+ col.names = FALSE,   append=TRUE) + }

这个循环一直运行到第 7861 个值，然后得到这个错误：

Error in smooth.Pspline(x = ux, y = tmp[, 1], w = tmp[, 2], method = method,  : 
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 6)

我确信必须有一种方法可以避免使用循环，也许使用 plyr 包，但我不知道如何做到这一点，也不知道哪个包最适合获得最大导数的值。

任何人都可以提供一些见解或建议吗？提前致谢

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当 x 维均匀分布时，一阶差分是一阶导数的数值模拟。所以类似于：

 which.max( diff ( predict(sm.spline(x, y))$ysmth) ) )

... 将返回平滑样条曲线的最大（正）斜率的位置。如果您希望最大斜率允许它为负数或正数，您将在 predict()$ysmth 周围使用 abs()。如果您在使用非有限值时遇到困难，那么使用 is.finite 索引将清除 Inf 和 NaN 困难：

predy <- predict(sm.spline(x, y))$ysmth
predx <- predict(sm.spline(x, y))$x
is.na( predy ) <- !is.finite(pred)
plot(predx, predy,  # NA values will not blow up R plotting function,
                   # ...  just create discontinuities.
                  main ="First Derivative")
于 2013-07-12T01:05:42.250 回答