r - R中的支持向量机特征选择示例

Question

我正在尝试使用 R 包在 SVM 中应用特征选择（例如递归特征选择）。我已经安装了支持 LibSVM 中的特征选择的 Weka，但我还没有找到任何关于 SVM 或类似语法的示例。一个简短的例子会有很大的帮助。

Answer 1

rfe包中的函数caret为各种算法执行递归特征选择。caret 这是文档中的一个示例：

library(caret)
data(BloodBrain, package="caret")
x <- scale(bbbDescr[,-nearZeroVar(bbbDescr)])
x <- x[, -findCorrelation(cor(x), .8)]
x <- as.data.frame(x)
svmProfile <- rfe(x, logBBB,
                  sizes = c(2, 5, 10, 20),
                  rfeControl = rfeControl(functions = caretFuncs,
                                          number = 200),
                  ## pass options to train()
                  method = "svmRadial")

# Here's what your results look like (this can take some time)
> svmProfile

Recursive feature selection

Outer resampling method: Bootstrap (200 reps) 

Resampling performance over subset size:

  Variables   RMSE Rsquared  RMSESD RsquaredSD Selected
2 0.6106   0.4013 0.05581    0.08162         
5 0.5689   0.4777 0.05305    0.07665         
10 0.5510   0.5086 0.05253    0.07222         
20 0.5203   0.5628 0.04892    0.06721         
71 0.5202   0.5630 0.04911    0.06703        *

  The top 5 variables (out of 71):
  fpsa3, tcsa, prx, tcpa, most_positive_charge